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lncRNA測序服務(wù)

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  • 公司名稱上海宸功生物技術(shù)有限公司
  • 品       牌
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  • 所  在  地上海
  • 廠商性質(zhì)生產(chǎn)廠家
  • 更新時間2018/8/16 14:29:25
  • 訪問次數(shù)5688
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上海宸功生物科技有限公司經(jīng)過數(shù)年的努力發(fā)展已迅速成為集產(chǎn)品研發(fā)、生產(chǎn)、經(jīng)營為一體的專業(yè)化生物工程公司。公司具有具有完善的實驗技術(shù)開發(fā)平臺,成熟的抗原、抗體研發(fā)系統(tǒng),熟練掌握各種酶聯(lián)技術(shù),結(jié)合公司的研發(fā)團隊,可以有效的保證公司產(chǎn)品強的穩(wěn)定性和高的準確性,同時又具有Z有競爭力的價格。公司目前主要提供生化試劑、分子生物學試劑及試劑盒,各種抗體及免疫學試劑盒、實驗耗材等多門類上萬種產(chǎn)品,產(chǎn)品涉及分子生物學、細胞生物學、免疫學等生命科學的各個領(lǐng)域。

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lncRNA測序服務(wù)這些類似mRNA的轉(zhuǎn)錄本在各種基因調(diào)控水平和胚胎發(fā)育等生物學過程中發(fā)揮作用。越來越多的證據(jù)也表明,異常表達的lncRNA在多種疾病狀態(tài)中發(fā)揮重要作用,如癌癥。這些RNA盡管在十幾年前就已經(jīng)發(fā)現(xiàn),但只有少數(shù)分子的功能得到鑒定。
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人生如戲,相信長鏈非編碼RNA(lncRNA)也體會到了。之前一直遭冷遇,如今卻是萬人迷。其實,人類及其他哺乳動物的基因組轉(zhuǎn)錄了數(shù)萬條lncRNA。根據(jù)GenCode數(shù)據(jù)庫中版本的數(shù)據(jù),人類基因組中包含16,000條lncRNA,產(chǎn)生了近28,000條轉(zhuǎn)錄本。再加上其他數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù),目前已知的lncRNA超過40,000條。

這些類似mRNA的轉(zhuǎn)錄本在各種基因調(diào)控水平和胚胎發(fā)育等生物學過程中發(fā)揮作用。越來越多的證據(jù)也表明,異常表達的lncRNA在多種疾病狀態(tài)中發(fā)揮重要作用,如癌癥。這些RNA盡管在十幾年前就已經(jīng)發(fā)現(xiàn),但只有少數(shù)分子的功能得到鑒定。

德克薩斯大學西南醫(yī)學中心的藥理學教授David Corey表示:“你必須從檢測非編碼轉(zhuǎn)錄本開始。”他的研究方向是將lncRNA作為藥物靶點。“我對這些數(shù)據(jù)庫不感冒,因為可能存在錯誤。他們可能檢測到你的細胞系中不存在的RNA或很少量的RNA。”

若并非全基因組范圍內(nèi)的檢測,Corey博士通常利用定量PCR來檢測非編碼轉(zhuǎn)錄本。“如果我們認為那兒有一條非編碼轉(zhuǎn)錄本,我們就用5’和3’ RACE來擴增和檢測這些區(qū)域,”他說。“了解它的起始位點和終止位點是件好事,但不一定是必需的。如果你主要對功能感興趣,那么就不用了解全部情況,若存在重疊的轉(zhuǎn)錄本,檢測起來也比較困難。”

如果轉(zhuǎn)錄本的確存在,下一步則是利用逆轉(zhuǎn)錄來生成RNA,“或者購買一條適當長度的RNA,但是序列必須相同,”Corey博士說。“你必須使用*相同的qPCR引物,否則失之毫厘,謬以千里。”

當然,與mRNA相比,分析這些lncRNA面臨*的挑戰(zhàn)。據(jù)ArrayStar的資深科學家Yanggu Shi介紹,lncRNA的豐度水平通常比mRNA低十倍,而且組織特異性高,近80%的lncRNA是組織特異的,但mRNA不到20%。lncRNA的注釋比較少,因為它們不編碼蛋白質(zhì)。此外,一些lncRNA沒有poly(A)尾。它們大多位于細胞核中。“基于這些原因,我們需要一些特殊方法來分析和注釋,”Shi博士說。ArrayStar專門開發(fā)分析RNA表達和調(diào)控的工具,特別是調(diào)控性的非編碼RNA。

舉個例子,RNA測序通常產(chǎn)生4000萬條序列,但lncRNA的測序覆蓋度太低,不足以進行可靠定量。“利用這種方法,lncRNA測序至少需要1億條序列,比常規(guī)的mRNA測序要多得多,”Shi博士解釋道。“相比之下,芯片受低豐度轉(zhuǎn)錄本的影響沒那么大,且錯誤定量的幾率較低。”

據(jù)Shi博士介紹,ArrayStar的lncRNA芯片帶有許多注釋,得到實驗支持,并被許多文獻引用。比如,ArrayStar芯片曾出現(xiàn)在《Nature Cell Biology》的一篇論文中,說明三陰乳腺癌中的細胞質(zhì)LINK-A lncRNA激活了常氧下的HIF1α信號通路1。

關(guān)鍵詞:芯片
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