湖泊水污染來源主要是兩大類，一類是工業(yè)廢水和生活污水的點源污染，一類是農(nóng)業(yè)的面源污染。 細(xì)胞生長所需的大量元素主要是C、H、O、N、P，污水處理的一個主要任務(wù)是去除這些元素以防止細(xì)菌等微生物大量繁殖。其中H和O我們沒有辦法處理，所以生活污水處理中，我們主要處理的是C、N、P。C指有機物，一般以COD和BOD的形式表征，在生活污水處理中有機物的去除是比較簡單的，通過活性污泥法培養(yǎng)大量細(xì)菌吃掉這些有機物，但是工業(yè)廢水中由于含有大量難降解有機物，譬如含苯環(huán)的，通常較難處理。N和P又被稱為營養(yǎng)元素，去除C之后，細(xì)菌一般難以大量繁殖，但是藻類等自養(yǎng)生物可以利用二氧化碳合成有機物，這時N和P就成為限制它們生長的重要因素，因為是合成蛋白質(zhì)和DNA、RNA的必需元素。 當(dāng)水體中富含有機物(C) 時，細(xì)菌大量繁殖，消耗水中氧氣，造成水體厭氧環(huán)境，形成我們說的*，即發(fā)黑發(fā)臭，同時危害人體健康。當(dāng)水體富含N、P時，藻類大量繁殖，消耗水中氧氣，同時覆蓋在水體表面，阻止氧氣和陽光進入水體，危害魚類繁殖，破壞水體生態(tài)。目前我國城鎮(zhèn)生活污水的處理基本上了軌道，只是污水處理率和達標(biāo)率還有待提高，而且N、P的去除效果也亟待提高。 而工業(yè)污水的處理還需要進一步規(guī)范化、體系化，尤其是鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)。工業(yè)廢水，如造紙、印染、電鍍廢水等，產(chǎn)生的難降解有機物和重金屬有機物都是難以被生物降解的，故而可以通過生物鏈的富集作用直接危害人體健康。 與城鎮(zhèn)工業(yè)廢水和生活污水通過管網(wǎng)的集中排放不同，農(nóng)業(yè)污染，譬如過量氮肥、磷肥、農(nóng)業(yè)藥劑以及牲畜養(yǎng)殖等，污染面廣，濃度較低，難以集中處理，被稱為面源污染或非點源污染。農(nóng)業(yè)污染的后果主要是N、P過量造成的水體富營養(yǎng)化，其次農(nóng)業(yè)藥劑殘留物也屬于難降解有機物，會通過生物鏈的富集作用危害人體。 湖泊水污染主要問題或者說直觀問題是富營養(yǎng)化，從這方面來說，農(nóng)村面源污染的貢獻已經(jīng)大于城鎮(zhèn)污水的點源污染了。目前比較嚴(yán)重的例子是太湖和滇池。治理措施 對于城鎮(zhèn)工業(yè)污水和生活污水，由于是點源污染，可集中處理，即加大污水處理力度，禁止偷排等。就生活污水和大型企業(yè)來說，經(jīng)濟上都是可以負(fù)擔(dān)的。小企業(yè)可以以工業(yè)園區(qū)的形式集中處理。對于農(nóng)業(yè)面源污染，則比較難以控制。農(nóng)村生活污水和牲畜養(yǎng)殖廢水（其尿液、糞便含有高濃度氮磷）缺乏統(tǒng)一管網(wǎng)，目前還是我國污水處理的盲點，當(dāng)然很多地方，尤其是重點治理的地方已經(jīng)建立了農(nóng)村污水處理示范工程。而農(nóng)田的過量施肥和過量使用藥劑，一般是通過地表徑流進入河流湖泊。地表徑流通過森林和濕地系統(tǒng)時，會被大量截留和截污，所以退耕還林、恢復(fù)和重建濕地對控制污染有明顯效果。污染比較嚴(yán)重的河段，為了防止其進入已經(jīng)污染的湖泊，通常采用截污分流、修改河道等。 對于已經(jīng)污染的湖泊，首先是人工除藻，同時加入其他微生物抑制藻類生長等；其次是工程浩大的引水稀釋、底泥置換等，會破壞湖泊生態(tài)系統(tǒng)；還有就是國外已經(jīng)采用的化學(xué)沉淀、用泥土覆蓋底泥等方法，將營養(yǎng)鹽控制于湖底。總的來說治標(biāo)不治本，治本還是要控制污染源。湖泊水質(zhì)污染是可逆的，但是很慢，也沒有一招見效的辦法，病去如抽絲，環(huán)境污染治理也是這樣。但是病來并不如山倒，事實上污染問題也是一個慢慢累積的過程，只不過山倒之前我們都沒有意思它要倒了，近幾年出現(xiàn)的很多環(huán)境熱點問題，如霧霾，其實之前已經(jīng)非常嚴(yán)重，但我們都沒有意識到而已，等意識到了就想要馬上治理好也是不可能的。但是要我們環(huán)保意識能有所提高，隨著政府環(huán)保政策的完善和力度的增強，水污染問題得以優(yōu)化也能指日可待。
