人工合成的DNA片段，已經可以作為生物催化劑用于多種反應，這種DNA催化劑也被稱為脫氧核酶（deoxyribozymes）。然而，對于有些反應，這種催化劑卻一直無能為力，例如酰胺的水解。蛋白質是氨基酸通過酰胺鍵連接而成，酰胺的水解催化劑可以幫助研究者更好的切割蛋白質，這對于蛋白質組學（proteomics）研究來說十分重要。

伊利諾伊大學厄本那-香檳分校的Scott K. Silverman及其團隊數年來一直在努力尋找能水解酰胺的脫氧核酶，但結果卻不盡如人意。他們的嘗試，得到的DNA卻陰差陽錯的能夠水解磷酸二酯。“酰胺鍵特別難以切斷，至少對于DNA催化劑來說，”Silverman說。

zui近，Silverman等人終于找到了一種DNA片段，能夠催化酰胺水解，這意味著他們發(fā)現了能夠在特定位點切割蛋白質的脫氧核酶。（DNA-Catalyzed Amide Hydrolysis, J. Am. Chem. Soc. 2016, DOI: 10.1021/jacs.5b12647）

本項研究的關鍵在于對組成DNA片段的核苷酸單元進行修飾，使其具有氨基、羧基或羥基，這種修飾模擬了能夠水解蛋白質酰胺鍵的天然蛋白酶，使得DNA片段的修飾基團很像是蛋白酶活性區(qū)域的氨基酸側鏈基團。

“給核苷酸堿基加上側鏈帶來了期望的功能，在機理上是說得通的。”Silverman說。而且，這些包含修飾堿基的脫氧核酶在本質上仍然是DNA，仍然可以進行擴增，研究人員也仍然可以使用已有的方法去進行篩選和進化，以找到具有專門功能的DNA。

通過這些篩選方法，Silverman的團隊篩選了一個包括40個核苷酸長度的隨機序列庫，這些序列側面區(qū)域具有能夠結合模型底物的固定序列。這一模型底物包括在DNA序列之間插入的一個酰胺鍵。結果證明，有多個DNA催化劑能夠將酰胺的水解速率提高約1000倍。

“這些催化劑并不算是大放異彩，”脫氧核酶的發(fā)現者、斯克里普斯研究所（Scripps Research Institute）教授Gerald F. Joyce說，“但它與沒有催化的反應相比還是能很好的加速反應進程。”

更有意思的是，其中一個包括羥基修飾堿基的脫氧核酶，按照它的序列合成的沒有修飾基團的DNA依然保留了相當的催化活性。Joyce評論說：“這是個圓滿的故事，看來未經修飾的DNA也能夠催化這一反應。”