總體而言，所有微生物生長繁殖均需要培養(yǎng)基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水及能源，但由于微生物營養(yǎng)類型復雜，不同微生物對營養(yǎng)物質(zhì)的需求是不一樣的，因此首先要根據(jù)不同微生物的營養(yǎng)需求配制針對性強的培養(yǎng)基。

1、選擇適宜的營養(yǎng)物質(zhì)

自養(yǎng)型微生物能從簡單的元機物合成自身需要的糖類、脂類、蛋白質(zhì)、核酸、維生素等復雜的有機物，因此培養(yǎng)自養(yǎng)型微生物的培養(yǎng)基*可以(或應該)由簡單的無機物組成。例如，培養(yǎng)化能自養(yǎng)型的氧化硫硫桿菌(Thiobacillus thiooxdans)的培養(yǎng)基組成見表3.9。在該培養(yǎng)基配制過程中并末專門加入其他碳源物質(zhì)，而是依靠空氣中和溶于水中的CO2為氧化硫

硫桿菌提供碳源。
 2、營養(yǎng)物質(zhì)濃度及配比合適

培養(yǎng)基中營養(yǎng)物質(zhì)濃度合適時微生物才能生長良好，營養(yǎng)物質(zhì)濃度過低時不能滿足微生物正常生長所需，濃度過高時則可能對微生物生長起抑制作用，例如高濃度糖類物質(zhì)、無機鹽、重金屬離子等不僅不能維持和促進微生物的生長，反而起到抑菌或殺菌作用。另外，培養(yǎng)基中各營養(yǎng)物質(zhì)之間的濃度配比也直接影響微生物的生長繁殖和(或)代謝產(chǎn)物的形成和積累，其中碳氮比(C/N)的影響較大。
3、控制氧化還原電位(redox　potential)

不同類型微生物生長對氧化還原電位(F)的要求不一樣，一般好氧性微生物在F值為+0.1V以上時可正常生長，一般以+0.3一+0.4V為宜，厭氧性微生物只能在F值低于+0.1V條件下生長，兼性厭氧微生物在F值為+0.1V以上時進行好氧呼吸，在+0.1V以下時進行發(fā)酵。F值與氧分壓和pH有關(guān)，也受某些微生物代謝產(chǎn)物的影響。在pH相對穩(wěn)定的條件下，可通過增加通氣量(如振蕩培養(yǎng)、攪拌)提高培養(yǎng)基的氧分壓，或加入氧化劑，從而增加F值；在培養(yǎng)基中加入抗壞血酸、硫化氫、半*、*、二硫蘇糖醇等還原性物質(zhì)可降低F值。
 4、原料來源的選擇

在配制培養(yǎng)基時應盡量利用廉價且易于獲得的原料作為培養(yǎng)基成分，特別是在發(fā)酵工業(yè)中，培養(yǎng)基用量很大，利用低成本的原料更體現(xiàn)出其經(jīng)濟價值。例如，在微生物單細胞蛋白的工業(yè)生產(chǎn)過程中，常常利用糖蜜(制糖工業(yè)中含有蔗糖的廢液)、乳清(乳制品工業(yè)中含有乳糖的廢液)、豆制品工業(yè)廢液及黑廢液(造紙工業(yè)中含有戊糖和己糖的亞硫酸紙漿)等都可作為培養(yǎng)基的原料。再如，工業(yè)上的甲烷發(fā)酵主要利用廢水、廢渣作原料，而在我國農(nóng)村，已推廣利用人畜糞便及禾草為原料發(fā)酵生產(chǎn)甲烷作為燃料。另外，大量的農(nóng)副產(chǎn)品或制品，如鼓皮、米糠、玉米漿、酵母浸膏、酒糟、豆餅、花生餅、蛋白胨等都是常用的發(fā)酵工業(yè)原料。
    在配制培養(yǎng)基過程中，泡沫的存在對滅菌處理極不利，因為泡沫中的空氣形成隔熱層，使泡沫中微生物難以被殺死。因而有時需要在培養(yǎng)基中加入消泡沫劑以減少泡沫的產(chǎn)生，或適當提高滅。詳情請參考國家標準物質(zhì)網(wǎng)

在培養(yǎng)基中還存在一些天然的緩沖系統(tǒng)，如氨基酸、肽、蛋白質(zhì)都屬于兩性電解質(zhì)，也可起到緩沖劑的作用。