2016年7月25日，學術(shù)刊物自然出版集團旗下子刊《Nature Methods》雜志上在線發(fā)表了英國諾丁漢大學的科學家Matt Loose的一篇研究論文，論文描述了一種稱為“'Read Until”的新技術(shù)，這種技術(shù)可高度選擇性的進行DNA測序，與實時的納米孔測序聯(lián)合使用，使得用戶能夠分析“含有預(yù)設(shè)的目標標簽”的DNA鏈。研究證明可能實時地、有選擇性地測定DNA序列片段，從而大大減少了分析生物樣品所需的時間。
Matt Loose博士，采用Oxford Nanopore Technologies研發(fā)的便攜式DNA測序技術(shù)。Loose博士說：“這是*次展示，在任何設(shè)備上直接選擇特定的DNA分子。我們希望，它將使未來的許多新應(yīng)用成為可能，特別是便攜式測序。這使得測序變得盡可能，并將提供一種可行的、基于信息的方法，來替代傳統(tǒng)的實驗室富集技術(shù)。這種方法可以應(yīng)用到一系列廣泛的問題中，從病原體檢測到人類基因組靶向區(qū)域測序，現(xiàn)在都是可用實現(xiàn)的。”
這種口袋大小的MinION裝置——NASAzui近為空間站送去了相同的技術(shù)以探討失重狀態(tài)下是否可以進行DNA測序，采用小分子膜孔來“感覺”通過這些孔的DNA片段序列，從而在current trace中產(chǎn)生微小的波動。這些current trace稱為“squiggles”，然后需要使用base caller軟件被轉(zhuǎn)換為DNA堿基，通常位于云。諾丁漢大學的研究小組使用信號處理技術(shù)，通過這個步驟，將這些squiggles映射到參考序列。
在本文中，諾丁漢大學的研究團隊更近了一步，顯示這種squiggle匹配技術(shù)可以運行的速率，能夠讓我們在DNA片段通過納米孔之前，對正在測序的DNA片段做出決定。根據(jù)不同的序列，MinION中的個別納米孔可以被指示繼續(xù)測定或彈出當前的DNA片段，并開始測定另一段序列。諾丁漢大學的研究小組表明，這種“實時選擇性測序”，或被一些人稱之為“DNA tasting”，可以減少測定關(guān)鍵DNA序列所需的時間，或者使我們能夠分析與宿主和其他DNA共存的病原體樣品。
Read Until方法/技術(shù)是通過運用動態(tài)時間規(guī)整而發(fā)展的，以將短的query current traces與參考序列匹配，從而展示了小基因組特定區(qū)域的選擇性，來自一組靶標的單個擴增子，或一個集合中擴增產(chǎn)物的正?；?。
原文摘要：
The Oxford Nanopore Technologies MinION sequencer enables the selection of specific DNA molecules for sequencing by reversing the driving voltage across individual nanopores. To directly selec molecules for sequencing, we used dynamic time warping to match reads to reference sequences. We demonstrate our open-source Read Until software in real-time selective sequencing of regions within small genomes, individual amplicon enrichment and normalization of an amplicon set.
