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上海子實(shí)生物科技有限公司

子實(shí)生物:消滅PCR非特異性擴(kuò)增的黃金方法!

時(shí)間:2017-8-11閱讀:2291
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給各位小伙伴腦補(bǔ)一下非特異性擴(kuò)增,即進(jìn)行PCR所擴(kuò)增出來的條帶不是所要的,引物與模板在非目的條帶處有錯(cuò)配,導(dǎo)致延伸產(chǎn)物不是目的條帶。例如引物二聚體,即引物在退火過程中產(chǎn)生了hairpin結(jié)構(gòu)或其他二級(jí)結(jié)構(gòu),或者引物在模板的某些位置非特異性地結(jié)合,也同樣會(huì)產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增。 

  我們都知道,PCR產(chǎn)物都是通過引物延伸產(chǎn)生的。當(dāng)引物產(chǎn)生了二聚體或者非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物之后,引物本身就無法再延伸形成PCR產(chǎn)物了,這樣的情況下,非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物越是多,那目的產(chǎn)物就越是少。如果在qPCR過程中,就會(huì)在熔解曲線中形成雙峰。  

  小伙伴們遇到這樣的問題,首先想到的可能是加入DMSO來阻止引物二聚體形成,或者EDTA來調(diào)節(jié)體系的離子濃度。但是具體問題具體分析,我們不能病急亂投醫(yī),這里老談給小伙伴們整理了解決方法,希望可以幫助大家快速、準(zhǔn)確的搞定這個(gè)“小問題”。

 ?。?、引物設(shè)計(jì)的過程中要用Primer premier 5.0來驗(yàn)證一下二聚體;

  2、 引物合成后,先做一次梯度PCR,檢測zui合適的退火溫度,一般高退火溫度可以提高引物對(duì)模板的特異性從而降低引物二聚體;

  3、 降低Mg2+濃度,鎂離子濃度高,會(huì)導(dǎo)致大量的非特異性擴(kuò)增,但是沒有鎂離子的話,也會(huì)導(dǎo)致Taq酶的失活;

  4、降低dNTP濃度,dNTP也是非特異性擴(kuò)增的一個(gè)罪魁禍?zhǔn)?,降低它的濃度,也能有效降低二聚體及其他非特異性擴(kuò)增;

  5、降低引物濃度,一般的PCR引物都是過量的,降低了引物濃度自然也能降低引物之間形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的可能性;

  6、提高退火溫度,這個(gè)道理很簡單,引物的退火溫度提高,引物間的二級(jí)結(jié)構(gòu)形成可能性就會(huì)降低;

  7、延長退火時(shí)間,這個(gè)也可以減弱引物間結(jié)合的可能性;

  8、DMSO及甜菜堿,這些PCR促進(jìn)劑,主要是用于CG含量高的模板上,降低DNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生,但根據(jù)經(jīng)驗(yàn),加入DMSO之后需要同時(shí)提高一點(diǎn)退火溫度來補(bǔ)平(qPCR不太適用);

  9、熱啟動(dòng)法,通過95℃的高溫?zé)釂?dòng),高溫解鏈,使得引物間的二級(jí)結(jié)構(gòu)破壞,以此降低二聚體產(chǎn)生。

SW48
SW480
SW579
SW620
SW626
SW837
SW872
SW1116
SW1222
SW1463
SW1990
SZ95
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T HESCS
T2
T3A
T24
T-47D
T84
T98G
TALL-104
TC-1
TCA8113
TCAM-2
TCCSUP
TCMK-1
TE 354.T
TE-1
TE-3
TE-6
TE-10
TE-22
TE-13
TE671
TEV-1
TF-1
TFK-1
TH-1
TH17
THC 8307
THLE-2
THLE-3
THP-1
THP-2
TJ905
TK-1
TM3
TM4
TMD8
TOV-21G
TOV-112D
TPC-1
TR146
TREG
TT
TT2609-C02
TU212
TU686
TUL-1
U-2 OS
U14
U27
U87
U-87MG
U-118MG
U251
U266
U343 MGA

 

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