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江萊生物-中國老牌試劑供應(yīng)商


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公司動態(tài)

如何挽救Western陰性結(jié)果

閱讀:476發(fā)布時間:2010-7-25

  Western blot是zui常用的實驗方法,但意義并不尋常,其結(jié)果的有無往往決定著下一步實驗的走向。當(dāng)您辛辛苦苦地花費(fèi)近兩天時間提蛋白、電泳、轉(zhuǎn)印、雜交之后,顯色時卻得到了“白板”一塊,傷心沮喪之時,千萬不要輕言放棄!請務(wù)必先試試我的建議:

1. 打開冰箱,看看有沒有其他顯色試劑
2. 走進(jìn)隔壁,換換其他實驗室的成像儀器

 

——也許,驚喜便這樣悄然而至,幸福就在那轉(zhuǎn)角處!
   
    對實驗而言,幸福各有不同,而不幸往往相似。這一切都是由于那該死的“靈敏度”!

    zui初的沮喪和險些的錯過,并不*是您的過錯。千萬別被實驗折磨之余,再背負(fù)太多的自責(zé),因為原因有很多。

1. 敵人太過狡猾
    您研究的對象是蛋白質(zhì),這個敵人可不簡單。其表達(dá)豐度變化跨度極大,據(jù)估計有106之巨。不僅如此,真正執(zhí)行功能的蛋白,其表達(dá)量往往極微,些許的豐度變化就能帶來生命現(xiàn)象的斗轉(zhuǎn)星移。面對這樣的復(fù)雜而狡猾的蛋白質(zhì),我們卻罕有大規(guī)模殺傷性武器,既沒有PCR般的擴(kuò)增技術(shù),也沒有成熟的測序方法。無奈,依靠印跡這個還算特異性好的常規(guī)武器,其殺傷力又往往受制于儀器和試劑。

2. 試劑良莠不齊
    說到試劑,國產(chǎn)、進(jìn)口,那叫一個林林總總,價格差別也很大。很多實驗室老板“買得起馬,配不起鞍”,zui終選擇便宜的試劑,當(dāng)然,并不是便宜沒好貨,只是更多的時候,是一分錢一分貨。殊不知這一省,就省掉了一兩個數(shù)量級的靈敏度差異。

3. 儀器表現(xiàn)迥異
    我們科研工作者,多為生物學(xué)出身,對儀器硬件、光學(xué)電學(xué)有著天然的不親近感。購買儀器時,更是墜入了諸多參數(shù)的謎團(tuán),面對幾十項不知所云的陌生數(shù)字,zui終要么是舉手投降,簡單地copy了其他實驗室的選擇;要么是眉毛胡子*,本著“一個都不能少”的原則,教條地比較每一項參數(shù),zui后費(fèi)盡心力地選他個所謂的“”。殊不知,參數(shù)有主次之分,其權(quán)重各異;即便參數(shù)相當(dāng),真真地做個對比實驗,不同廠商的“”,也會比出個一兩個數(shù)量級的靈敏度差別。因此,選擇儀器時我個人認(rèn)同那句話,“不認(rèn)廣告,認(rèn)療效”,也就是說只看關(guān)鍵指標(biāo),再加上實際使用效果的比較,相信錯不了。

    做蛋白的實驗許多年,碰到過“白板”、比較過試劑,也選購過價格不菲的儀器,有些許的感受,這里和同行們做個分享。

1 選個靈敏的試劑
    常用的DAB、NBT/BCIP等比色法,操作雖簡單,不需儀器或膠片成像,但靈敏度和動態(tài)范圍實在太差。用此法得到的陰性結(jié)果,還有*的余地。因此,選擇化學(xué)發(fā)光或熒光的方法。
   
    化學(xué)發(fā)光方法是由原Amersham公司發(fā)明并引入科研的,目前已經(jīng)被廣為使用?;瘜W(xué)發(fā)光的靈敏度是比色法的100-10000倍,動態(tài)范圍更是寬了1-2個數(shù)量級。之后不同廠家在此領(lǐng)域進(jìn)行研發(fā),經(jīng)過底物的改良和試劑的優(yōu)化,zui終在靈敏度和持續(xù)發(fā)光時間上都有了顯著的改善。選擇試劑不僅可以提高一個數(shù)量級的靈敏度,還可使一抗的使用量降低到原來的1/20。因此,在選擇試劑的時候,要視情況而定,對靈敏度要求不高時,選用常規(guī)的試劑,經(jīng)濟(jì)實惠;但如果蛋白豐度低、一抗又極其珍貴,那就得毫不吝惜地選擇試劑,要知道有時一抗是資源,那可是拿錢買不來的。

圖1:

    如果再“不差錢”,還可以選擇熒光,來他個彩色Western。結(jié)果好看在其次,關(guān)鍵是省事兒,目標(biāo)蛋白和內(nèi)參的雜交同時完成、成像一步到位。當(dāng)然這是要付出經(jīng)濟(jì)代價的,熒光試劑可比ECL試劑貴不少。

2 選個可靠的儀器
    隨著CCD的發(fā)展,數(shù)碼相機(jī)已經(jīng)走進(jìn)了每個人的生活,其便捷性已經(jīng)促使我們告別了膠片時代。實驗室也一樣,做Western不用再費(fèi)事地配顯影液,不用在暗室小心地擺弄曝光夾。CCD成像儀便可讓一切變輕松,無需摸索曝光時間,只需把膜往里一扔,設(shè)定好時間間隔,儀器自動得到不同累計時間的圖像。我們要做的只是輕松地對著電腦,選擇一張不明不暗、長相漂亮的圖像就ok啦。
    
    這事說著挺美,但是也得選個可靠的儀器才能實現(xiàn),其中也有不少學(xué)問。這里先跟大家解釋幾個概念和參數(shù):

何為CCD?

    CCD可是個關(guān)鍵部件,沒有它根本就不會有今天的數(shù)碼成像。CCD的全名叫“Charge Coupled Device”,說白了就是光信號的接收器,它能把光信號轉(zhuǎn)變成電信號,zui終變?yōu)槲覀償?shù)字化的圖像。它的大小直接決定了圖像的zui高分辨率,也就是我們常說的幾百萬像素。CCD可是個值錢的部件,面積大一點(diǎn),價格沒準(zhǔn)會翻一番。

    CCD在成像儀中是非常重要的組成部分,在這個小小的器件上也有很大的技術(shù)革新,如讓CCD像素做45度角的旋轉(zhuǎn),以便獲得分辨率更好的圖像等等。這類問題太專業(yè),不是我們輕易可以理解的。因此在這個問題是,我的建議是“不求弄懂,只抓主流”,也就是認(rèn)準(zhǔn)的主流品牌,選擇有研發(fā)和生產(chǎn)CCD能力的一線廠商的成像儀,如Fuji、Kodak。道理很簡單,自己給自己用的東西,肯定是質(zhì)量又好又便宜。

何為冷CCD?
    實驗室用相機(jī)與家用相機(jī)不同,用到的是冷CCD,也就是說需要給CCD降溫到零下二三十度。這是為什么?原因有二,一是生物樣本的發(fā)光量實在太少,信號太微弱,需要相對長的曝光時間;二是CCD等光電器件,都有不可避免的系統(tǒng)噪音,一旦曝光時間長,噪音累計起來,積少成多,會對本就微弱的樣品信號造成干擾。而給CCD降溫后,其系統(tǒng)噪音可大大降低。

何為 f 值?
     對這個參數(shù)的深刻認(rèn)識,得益于一次采購Canon單反鏡頭,同一系列f1.2、f1.4、f1.8的鏡頭,價格分別是人民幣14000、2500、700,這期間的巨大差別,當(dāng)時是“雷到”我了?;貋砗蠛煤醚芯浚帕私獾竭@是一個表征鏡頭光圈大小的指標(biāo),f值越小則鏡頭光圈越大,也就是說單位時間內(nèi)進(jìn)光量越大,鏡頭進(jìn)光量與f值的平方成反。舉個例子,f1.2與f1.8,雖然f值只小了0.6,但是進(jìn)光量面積卻增加了一倍?。ㄈ鐖D2) 所以千萬別小看了這個參數(shù),它極大地影響著成像的速度和質(zhì)量,怪不得不同參數(shù)的鏡頭價格,一個天上、一個地下。

圖2:
 

    話說遠(yuǎn)了,回到成像儀上來。成像設(shè)備,鏡頭無疑是zui重要的部件,而鏡頭的諸多參數(shù)中我認(rèn)為這個zui重要。因為剛才我們說到過,生物樣本發(fā)光量低,為了能夠檢測到清晰的樣品信號,我們連微小的系統(tǒng)噪音都得靠低溫嚴(yán)加控制,那么對于zui關(guān)鍵的采集信號的光學(xué)部件,這個參數(shù)的考量絕不能含糊!據(jù)我所知,目前化學(xué)發(fā)光成像儀zui大的鏡頭是f 0.85,對于這種常用設(shè)備,千萬別忽視了這個參數(shù),否則發(fā)生之前提到的不幸一幕就不足為奇了。

    綜上所述,儀器一定要重視關(guān)鍵指標(biāo),試劑要低端擇情選,不能“參數(shù)”漸欲迷人眼,“價格”障目不見山。zui后,祝愿大家的Western實驗都能獲得漂亮的可喜的結(jié)果。


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