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生物安全柜安裝位置應不位于通道處，遠離能破壞由工作口空氣屏障產生的隔離層的房間氣流。如果實驗室有窗戶，應時刻處于關閉狀態(tài)，安全柜不應放在流通空氣入口，以免空氣能吹過前開口或吹向排氣過濾器。
生物安全柜安裝位置如果空間許可，在安全柜的背后和周邊應留有30cm的空間用于清潔安全柜，如果不許可，zui小每邊應8cm及背部留有3.8cm用于清潔安全柜。安裝生物安全柜的臺面承受400kg的壓力無明顯下沉、彎曲等變形。安全柜所使用的插座電流流量不小于10A，必須有良好的接地，且不得與其它電器共同的插座，安全柜的插座應易于維修，并且電氣安裝測試不必移動安全柜。
A2型生物安全柜設計的是排氣氣流返回實驗室而不是向室外排放，關鍵一點是頂端排氣口和天花板之間的距離zui少應有8cm。間距小于8cm會阻礙排氣而減少進入安全柜前開口的氣流。當需要使用熱風速計測定排氣氣流流速計算安全柜流入氣流速度，則安全柜頂部的排氣口和天花板間至少應有30cm空間。
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