Jack  R.  Collins博士在近期舉行的全國(guó)高性能計(jì)算學(xué)術(shù)年會(huì)上發(fā)表演講，他就目前如何應(yīng)用高性能計(jì)算和云計(jì)算來(lái)攻克癌癥研究做了有關(guān)介紹，分享了經(jīng)驗(yàn)。

Jack博士表示，2009年美國(guó)每56秒會(huì)有一位病人因?yàn)榘┌Y去世，而到了2010年新確診的癌癥病人已經(jīng)超過(guò)160萬(wàn)個(gè)。這進(jìn)一步說(shuō)明癌癥目前已經(jīng)嚴(yán)重威脅人類生命健康，也成為醫(yī)學(xué)界主要的研究和攻克對(duì)象。

Jack  R.  Collins博士是美國(guó)生物醫(yī)學(xué)計(jì)算中心信息系統(tǒng)部的研究人員，他在29號(hào)的演講中

從醫(yī)學(xué)研究的角度來(lái)看，癌癥研究目前主要從藥物研究、致癌機(jī)理、基因?qū)W等不同角度在進(jìn)行。而不論是基因研究還是藥物研究都需要大量的計(jì)算模擬做研究支持。對(duì)于NCI美國(guó)國(guó)家癌癥研究中心來(lái)說(shuō)，癌癥的研究已經(jīng)成為驅(qū)動(dòng)其高性能計(jì)算發(fā)展的主要因素。而研究中心的數(shù)據(jù)規(guī)模也隨著癌癥研究的深入和數(shù)學(xué)模型的日益爆炸式的增長(zhǎng)。

Jack博士認(rèn)為以上這些因素為高性能計(jì)算帶來(lái)了四大挑戰(zhàn)：如何應(yīng)對(duì)數(shù)據(jù)的海量增長(zhǎng)；如何應(yīng)對(duì)計(jì)算性能增長(zhǎng)帶來(lái)的系統(tǒng)壓力；如何從軟件和系統(tǒng)的角度來(lái)做長(zhǎng)遠(yuǎn)規(guī)劃；如何應(yīng)對(duì)來(lái)自社會(huì)的可靠性和安全性質(zhì)疑。

▲數(shù)據(jù)大規(guī)模增長(zhǎng)會(huì)為存儲(chǔ)后臺(tái)，網(wǎng)絡(luò)帶寬以及自動(dòng)化、安全帶來(lái)問(wèn)題

▲計(jì)算規(guī)模的增加則會(huì)對(duì)程序并行度、I/O環(huán)境、編程復(fù)雜度造成巨大的阻礙

▲如何從長(zhǎng)遠(yuǎn)的角度解決平臺(tái)系統(tǒng)搭建、HPC編程以及人員培訓(xùn)問(wèn)題是需要思考的

▲對(duì)于虛擬化的穩(wěn)定性，數(shù)據(jù)安全以及存儲(chǔ)環(huán)境的需求如何找到共同的答案

Jack博士表示，也許未來(lái)云計(jì)算可以解決上述難題，zui終將HPC變成計(jì)算即服務(wù)（CAAS）、信息即服務(wù)（IAAS）等來(lái)解決醫(yī)學(xué)研究中的計(jì)算互通性和數(shù)據(jù)共享。