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預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)方面取得重要進(jìn)展

時(shí)間:2011-3-7閱讀:213
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隨著蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息的不斷積累,以及結(jié)構(gòu)基因組學(xué)不斷的發(fā)展,越來(lái)越多的功能未知但結(jié)構(gòu)已知的蛋白質(zhì)提交到了大分子數(shù)據(jù)庫(kù)中,這些蛋白質(zhì)的功能及其功能位點(diǎn)需要注釋.以前一些已知功能的蛋白質(zhì)的功能及其功能位點(diǎn)可能需要重新注釋。因此,發(fā)展一種,快速的可用于大規(guī)模功能注釋的算法是結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容之一。盡管已有許多算法用來(lái)對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或序列進(jìn)行功能注釋,但這些算法的性,敏感度等需要更進(jìn)一步的提高。

zui近,黃京飛課題組的李功華博士生在導(dǎo)師的指導(dǎo)下,開發(fā)出了一個(gè)新的預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)的算法(CMASA)。這個(gè)算法相對(duì)于其它已知的算法具有更高的性和敏感性,而且具有計(jì)算速度快的特點(diǎn)。利用CMASA,黃京飛課題組成員對(duì)PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的酶進(jìn)行了催化位點(diǎn)的注釋并發(fā)現(xiàn)了166個(gè)新的未被注釋的酶的催化位點(diǎn)。

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