基因測序技術(shù)的高速發(fā)展,使得測序成本不斷下降,測序時(shí)間不斷減少,這為科學(xué)家提供了極大的便利.基因測序的進(jìn)步可幫助科學(xué)家在短時(shí)間內(nèi)快速檢測出病原菌基因組,在有疫情發(fā)生時(shí),可以實(shí)時(shí)分析病原菌類別,為及時(shí)的臨床診斷提供依據(jù).
英國劍橋大學(xué)等機(jī)構(gòu)的研究人員在《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》上報(bào)告說,他們利用耐**疫情中留下來的樣本,在實(shí)驗(yàn)室中重新模擬了該病菌不同亞型的傳播情況,并用基因測序技術(shù)對這些病菌進(jìn)行分析.領(lǐng)導(dǎo)這次研究的沙倫•皮科克教授說,利用的基因測序技術(shù),只需要一天左右,就可以從基因?qū)用嫔戏直娉鲭y以區(qū)分的耐**亞型.在疫情發(fā)生時(shí),不同亞型細(xì)菌的傳播情況會不斷變化,使用基因測序技術(shù)基本上可以實(shí)時(shí)跟蹤這種變化,為臨床治療及時(shí)提供信息.她還表示,相關(guān)技術(shù)也應(yīng)該可以適用于其他病菌引發(fā)的疫情,成為一種新的的疫情監(jiān)測手段.
一個(gè)關(guān)注的問題是要求在不同的國家或地區(qū),不同時(shí)期引起疾病的病原菌間的關(guān)系有個(gè)可查尋的標(biāo)準(zhǔn).1998年Maiden等提出多點(diǎn)測序技術(shù)（multilocus sequence typing, MLST）,這種技術(shù)正是符合這一要求與標(biāo)準(zhǔn)的可以應(yīng)用網(wǎng)絡(luò)來確定和追蹤分離到的病原菌的毒力傳播和抗藥性情況,同時(shí)可追蹤相對較長周期內(nèi)病原菌的流行病學(xué)的細(xì)菌分型方法.多點(diǎn)測序技術(shù)是利用快速測序技術(shù)來揭示保守基因的等位基因突變來對病原菌進(jìn)行分型和鑒定.該技術(shù)常選擇微生物染色體上7個(gè)左右相距一定距離且基本覆蓋整個(gè)染色體的管家基因進(jìn)行雙向測序,每個(gè)不同的基因序列稱作其等位基因,特定的等位基因序列給出一個(gè)專門的基因序號,所有7個(gè)位點(diǎn)等位基因的序號組成等位基因譜.當(dāng)分離得到一個(gè)性質(zhì)未知的病原菌時(shí),與等位基因譜比較就可以確定它的來源.
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