DNA合成儀在分子生物學(xué)領(lǐng)域中的應(yīng)用非常廣泛，大體可以概括為以下幾個(gè)方面。
1．合成PCR引物，DNA測序引物和雜交探針
2．合成*標(biāo)記的DNA包括*標(biāo)記的引物
用于DNA固相測序法（solid-phasesequencing），采用*標(biāo)記的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，再用抗*蛋白釣出擴(kuò)增產(chǎn)物，由于抗*蛋白與磁珠共價(jià)結(jié)合，所以用磁鐵吸附即可釣出擴(kuò)增產(chǎn)物，大大簡化了DNA測序模板的純化步驟。此外，*標(biāo)記的探針用于非放射性雜交檢測。DNA合成儀可用于合成*標(biāo)記的探針和引物。
3．合成熒光素標(biāo)記的DNA包括熒光素標(biāo)記的引物
可在合成的DNA片段5’端標(biāo)記幾種不同顏色熒光素（6-FAM、TET、HEX），用于全自動(dòng)DNA測序儀，還可用于PCR片段大小分析及定量分析，即基因組型分析和基因表達(dá)水平的研究。此外熒光素標(biāo)記的探針用于原位PCR雜交檢測，進(jìn)行基因在染色體上的定位。而熒光素標(biāo)記的DNA包括熒光素標(biāo)記的引物皆可采用DNA合成儀進(jìn)行合成。
4．合成反義核酸
反義核酸可用于反義調(diào)控和基因治療。反義調(diào)控指在體外合成與靶序列互補(bǔ)的DNA片段，轉(zhuǎn)化細(xì)胞后與靶序列結(jié)合，即在轉(zhuǎn)錄水平上抑制基因表達(dá)，但由于細(xì)胞內(nèi)存在限制酶系統(tǒng)會(huì)把外源核酸降解，所以反義核酸要經(jīng)硫化修飾后再轉(zhuǎn)化細(xì)胞。另外癌癥、艾滋病等也可采用反義核酸進(jìn)行基因水平的治療。DNA合成儀是合成反義核酸的儀器。
5．合成磷酸標(biāo)記的DNA
用DNA連接酶把合成的磷酸標(biāo)記的DNA片段連接起來，在體外進(jìn)行基因構(gòu)建。磷酸標(biāo)記的DNA常用DNA合成儀來合成。
6．合成RNA
用DNA合成儀合成的RNA主要用于核酶研究，核酶可作為生物導(dǎo)彈轉(zhuǎn)化到細(xì)胞中，定點(diǎn)切割有病基因，如癌基因等。
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