上周出版的Nature和Science雜志都公布了一項(xiàng)的癌癥研究新成果，而這兩項(xiàng)成果都采用了這一領(lǐng)域中倍受關(guān)注的兩項(xiàng)新技術(shù)，那么這兩項(xiàng)技術(shù)到底是什么呢，讓我們仔細(xì)往下看。

來(lái)自費(fèi)城兒童醫(yī)院，賓州大學(xué)醫(yī)學(xué)院等處的研究人員通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)研究表明，在LMO1位點(diǎn)內(nèi)的單核苷酸變異體與一種兒童期交感神經(jīng)系統(tǒng)癌癥的遺傳性易感性相關(guān)。

這種全基因組關(guān)聯(lián)研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）是指通過(guò)對(duì)大規(guī)模的群體DNA樣本進(jìn)行全基因組高密度遺傳標(biāo)記（如SNP或CNV等）分型，從而尋找與復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳因素的研究方法。近年來(lái)這一研究技術(shù)發(fā)展迅速，獲得了許多不凡的成果。

兒童期交感神經(jīng)系統(tǒng)癌癥：成神經(jīng)細(xì)胞瘤是兒童zui常見(jiàn)的惡性腫瘤之一，占兒童腫瘤的10%，位居兒童惡性腫瘤第3位。這種僅次于白血病和原發(fā)性顱內(nèi)腫瘤發(fā)病高峰為2歲左右，5歲內(nèi)發(fā)病者占90%。

研究人員發(fā)現(xiàn)LMO1編碼一種以前與癌癥在一起的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子。同一位點(diǎn)上的獲得性結(jié)構(gòu)變異在成神經(jīng)細(xì)胞瘤患者中普遍存在，說(shuō)明通過(guò)GWAS方式識(shí)別出的位點(diǎn)也許容易受體細(xì)胞改變（somatic alteration）的影響，所以可以用來(lái)識(shí)別潛在治療目標(biāo)和/或癌癥攻擊性的生物標(biāo)記。

在另外一篇文章中，來(lái)自麻省總醫(yī)院癌癥中心，螺旋生物科學(xué)（Helicos BioSciences）公司等處的研究人員發(fā)現(xiàn)一些有著高度重復(fù)性的DNA（衛(wèi)星DNA（saliteDNA））轉(zhuǎn)錄得到的非編碼RNA能用于標(biāo)記癌癥，這為探索癌癥的生物標(biāo)記物提供了新的參考。這一研究成果公布在Science雜志上。

研究人員采用了一種新型數(shù)據(jù)基因表達(dá)分析方法，發(fā)現(xiàn)這種非編碼RNA在小鼠和人的腫瘤中有著驚人的高度表達(dá)：在胰腺導(dǎo)管腺癌（Pancreatic ductal adenocarcinoma）中的表達(dá)量要比在正常組織中高出大約40倍，在小鼠的結(jié)腸和肺腫瘤中的表達(dá)也有所增加。在人類胰腺腫瘤中的表達(dá)水平要比在健康胰腺組織中高大約21倍。

而且研究人員還發(fā)現(xiàn)這種衛(wèi)星DNA的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在人的肺癌、腎癌、卵巢癌和前列腺癌中的表達(dá)水平有所增加，這表明這種非編碼RNA的過(guò)度表達(dá)是幾種不同類型上皮癌的一個(gè)關(guān)鍵特征。研究人員認(rèn)為這種非編碼RNA的過(guò)度表達(dá)可以作為探查癌癥的一種有用的生物標(biāo)記。

原文摘要：

Integrative genomics identifies LMO1 as a neuroblastoma oncogene

Neuroblastoma is a childhood cancer of the sympathetic nervous system that accounts for approximay 10% of all paediatric oncology deaths1, 2. To identify genetic risk factors for neuroblastoma, we performed a genome-wide association study （GWAS） on 2,251 patients and 6,097 control subjects of European ancestry from four case series. Here we report a significant association within LIM domain only 1 （LMO1） at 11p15.4 （rs110419, combined P = 5.2 × 10−16, odds ratio of risk allele = 1.34 （95% confidence interval 1.25–1.44））. The signal was enriched in the subset of patients with the most aggressive form of the disease. LMO1 encodes a cysteine-rich transcriptional regulator, and its paralogues （LMO2, LMO3 and LMO4） have each been previously implicated in cancer. In parallel, we analysed genome-wide DNA copy number alterations in 701 primary tumours. We found that the LMO1 locus was aberrant in 12.4% through a duplication event, and that this event was associated with more advanced disease （P < 0.0001） and survival （P = 0.041）. The germline single nucleotide polymorphism （SNP） risk alleles and somatic copy number gains were associated with increased LMO1 expression in neuroblastoma cell lines and primary tumours, consistent with a gain-of-function role in tumorigenesis. Short hairpin RNA （shRNA）-mediated depletion of LMO1 inhibited growth of neuroblastoma cells with high LMO1 expression, whereas forced expression of LMO1 in neuroblastoma cells with low LMO1 expression enhanced proliferation. These data show that common polymorphisms at the LMO1 locus are strongly associated with susceptibility to developing neuroblastoma, but also may influence the likelihood of further somatic alterations at this locus, leading to malignant progression.
 

來(lái)源：生物通