近日來(lái)自澳大利亞昆士蘭大學(xué)、哈佛大學(xué)和羅氏Nimblegen公司的研究人員開(kāi)發(fā)了一種靶向RNA測(cè)序新技術(shù)，并利用這一技術(shù)對(duì)常規(guī)測(cè)序無(wú)法檢測(cè)到的微量及瞬時(shí)表達(dá)人類基因組轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行了鑒別和特征分析。相關(guān)研究成果在線發(fā)表在11月13日的《自然生物技術(shù)》（Nature biotechnology）雜志上。

澳大利亞昆士蘭大學(xué)的John S Mattick教授、美國(guó)哈佛大學(xué)的John L Rinn教授和羅氏Nimblegen公司的Jeffrey A Jeddeloh為這一項(xiàng)目的共同。Mattick現(xiàn)任昆士蘭大學(xué)的分子生物學(xué)教授及分子生物學(xué)研究所所長(zhǎng)，他曾擔(dān)任澳洲基因組研究中心創(chuàng)辦所長(zhǎng)。其非凡的事業(yè)包括開(kāi)發(fā)了澳洲*個(gè)基因改造疫苗。2001年Mattick獲頒澳洲勛章，并于2003年榮獲澳洲政府百年特殊貢獻(xiàn)獎(jiǎng)?wù)?。Rinn教授是哈佛大學(xué)的青年科學(xué)家，其長(zhǎng)期從事RNA研究，2009年被評(píng)為美國(guó)國(guó)內(nèi)撼動(dòng)科學(xué)界的青年英才。Jeddeloh十?dāng)?shù)年致力于DNA甲基化研究，2007年加入羅氏Nimblegen公司，現(xiàn)為商業(yè)發(fā)展部負(fù)責(zé)人。
 

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這一靶向性的RNA測(cè)序技術(shù)被命名為“RNA CaptureSeq”。研究人員稱這一技術(shù)集成了當(dāng)前的基因捕獲技術(shù)（gene capture techniques）和的深度測(cè)序（deep sequencing）技術(shù)。
基因捕獲技術(shù)是目前應(yīng)用前景的基因克隆方法之一。利用該技術(shù)建立的隨機(jī)插入突變的突變體文庫(kù)，可用于尋找、鑒定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因，它是繼自然突變、物理突變和化學(xué)突變之后發(fā)展起來(lái)的新的分子生物學(xué)方法。

深度測(cè)序則又稱作新一代測(cè)序，主要特點(diǎn)是測(cè)序通量高，測(cè)序時(shí)間和成本顯著下降，將這種高通量測(cè)序技術(shù)應(yīng)用到RNA上，也就是將各種類型的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行高通量定量檢測(cè)，統(tǒng)稱為RNA-seq或RNA測(cè)序。隨著新一代高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，RNA測(cè)序已成為基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄組分析的重要手段。
機(jī)體中的每個(gè)細(xì)胞都擁有一套完整的基因組，然而不同的細(xì)胞卻利用不同的遺傳信息來(lái)發(fā)揮其特定的功能。轉(zhuǎn)錄組是某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的綜合，是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)對(duì)于了解發(fā)育及疾病的機(jī)理均具有非常重要的意義。

在這篇文章中，研究人員利用新技術(shù)對(duì)任意特定時(shí)間點(diǎn)不同類型人類細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了檢測(cè)分析，從中鑒別出了大量重要的致癌基因和發(fā)育基因的新轉(zhuǎn)錄本，以及非編碼RNA。分析結(jié)果表明人類轉(zhuǎn)錄組遠(yuǎn)比之前認(rèn)為的還要復(fù)雜的多。
新技術(shù)為深入研究不同細(xì)胞間的基因表達(dá)差異開(kāi)啟了新的途徑。“相比于傳統(tǒng)的遺傳分析技術(shù)，RNA CaptureSeq技術(shù)能以更高的分辨率對(duì)全基因組進(jìn)行分析，從中鑒別出與復(fù)雜疾病相關(guān)的區(qū)域，成本也更為低廉。鑒于這些優(yōu)勢(shì)，我們可以預(yù)見(jiàn)RNA CaptureSeq將在不久之后作為一種重要的技術(shù)廣泛地應(yīng)用到研究和臨床應(yīng)用中，”Mattick教授說(shuō)。

來(lái)源：生物通