生物進化并沒有特殊的偏好密碼子
進化就像是一個“救世主”，令生物獲得了優(yōu)化，從而適應(yīng)環(huán)境的變化，但是在生物學(xué)家們剖析生
命的演化歷程的時候，總是會偶然發(fā)現(xiàn)一些無法解釋，令人迷惑的現(xiàn)象，而zui近發(fā)表的一項新研究
成果，則幫助科學(xué)家們了解了為何自然總是喜歡做一些人類無法預(yù)測到的事情。

蛋白質(zhì)，被喻為細(xì)胞機器運轉(zhuǎn)的齒輪，是由相同的二十塊稱為氨基酸的積木根據(jù)不同的組合而形成
。這些氨基酸根據(jù)來自機體DNA的指令，通過酶“縫合”在一起，而DNA序列三個字母間的組合，也
就是密碼子，能指導(dǎo)酶合成一種氨基酸，但是由于DNA實際上有四種這樣的堿基：A，T，G和C，因
此會出現(xiàn)64種（4的3次方）組合，這也就給了機體出現(xiàn)一些錯誤的空間——三種不同的密碼子編碼
的是相同的氨基酸。比如說，某種生物編碼*的是CCA的組合，同時CCG也可以編碼這種氨基酸
。

其實這并不奇怪，事實證明每一個生物體都可能在合成某種氨基酸的時候出現(xiàn)密碼子偏好性，因為
如果這種生物體攜帶了這種偏好性密碼子，那么它的酶就能更快的讀取密碼子，并合成蛋白。隨著
生物體進化，生物學(xué)家認(rèn)為通過自然選擇，其DNA會發(fā)生改變，出現(xiàn)不同于其它個體的偏好密碼子
。

然而，大自然偏偏沒有這樣做。

在出版的Nature雜志上（2月14日），德州大學(xué)西南醫(yī)學(xué)中心的劉一教授領(lǐng)導(dǎo)的一個研究組，
與范德堡大學(xué)Carl Johnson領(lǐng)導(dǎo)的一個研究組發(fā)現(xiàn)了兩個生物體并沒有選擇特殊蛋白的偏好密碼子
，而當(dāng)研究人員通過基因遺傳操作迫使這些生物體采用偏好密碼子，他們發(fā)現(xiàn)，修改后的突變型遠(yuǎn)
不如野生型的好。

劉一教授參與了這兩項研究，這位華人學(xué)者主要從事生物晝夜節(jié)律分子機理與RNAi兩方面的研究，
他曾在Nature封面上發(fā)表文章，解析其RNA（專訪RNAi前沿科學(xué)家劉一 《Nature》封面文章作者）
。

在這項新研究中，劉一教授選擇了一種真菌：Neurospora crassa，而且Johnson研究組選擇的是一
種光合細(xì)菌：Synechococcus elongatus。在這兩種生物體中，參與生物鐘的蛋白的合成并沒有出
現(xiàn)偏好密碼子，“我們對此感到十分奇怪，為何它們在進化中沒有選擇這種方式”，Johnson博士
說。

為此，研究人員重新編排了DNA相關(guān)排列，構(gòu)建了這兩種物種的新突變型，結(jié)果令他們感到驚訝的
是，他們得到了相反的結(jié)果。

在Neurospora crass中，重新排列能加速生物鐘蛋白的產(chǎn)生，但是不能確保蛋白的穩(wěn)定性，這些蛋
白zui終降解了，劉教授解釋道，這是由于雖然快速生成的蛋白序列沒有錯，但是之后的折疊過程卻
出現(xiàn)了錯誤。

蛋白是由一系列氨基酸組合而成的長鏈分子，因此能進行多種方式的折疊，而這些折疊方式對于蛋
白功能具有至關(guān)重要的作用，等同于氨基酸序列的影響。劉教授所獲得的發(fā)現(xiàn)其實并不罕見，如果
蛋白沒有足夠的時間緊密折疊，那么就無法正常運作，從而導(dǎo)致生物鐘斷裂。

而之后的Synechococcus的研究結(jié)果卻相反。

研究人員zui初發(fā)現(xiàn)突變型好像能正常工作——突變細(xì)菌能產(chǎn)生更多生物鐘蛋白，其生物循環(huán)也好似
更加穩(wěn)?。ū纫吧透咏?4小時），但奇怪的是，在溫度約為20°C的時候，突變型會生長的
比野生型慢得多。這一溫度條件下，野生型Synechococcus生物循環(huán)為30個小時。

Synechococcus生長的*溫度為30°C左右，比如夏天淡水環(huán)境，在這一溫度下，光合細(xì)菌的基因
表達(dá)完好，使得其生物鐘能接近于24小時循環(huán)——太陽出來的12小時工作，太陽落山的12小時休息
。

但是在較低的溫度下，比如在冬季的幾個月里，其基因的表達(dá)受到阻礙，生活周期會延長到30個小
時。

“這30小時的周期似乎是針對較低的溫度的一種進化適應(yīng)性，”Johnson博士說。雖然目前還不清
楚這種適應(yīng)性的進化原理，但是研究人員認(rèn)為這可能是由于光照時間的縮短。因此突變型無法像野
生型一樣來適應(yīng)30個小時的生活周期。

“更好地了解這種細(xì)菌的生命周期，對于提高其在生物燃料的生產(chǎn)效率至關(guān)重要，”Johnson博士
說。

而這對于科學(xué)家們來說，也是上了一堂課，這告訴我們，我們的假設(shè)并不是自然進化的*選擇。
密碼子的出現(xiàn)，似乎是基因表達(dá)調(diào)控的一個基本組成部分，而Neurospora和Synechococcus都沒有
選擇偏好密碼子，這是因為這能令它們更好的適應(yīng)周邊環(huán)境。