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RNA提取及用DEPC去除RNase

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快速的操作,低溫環(huán)境,少量取上清
主要是抽提之后吸取上清時(shí)要特別小心,只要不把蛋白層吸出來就不會(huì)有RNase污染。
分子克隆第二版343頁,上關(guān)于提取RNA所用的玻璃容器的處理方法,是用前180度干烤8小時(shí)或更長(zhǎng)時(shí)間;另一種方法是0.1%的depc水浸泡(37度2小時(shí)),然后滅菌水淋洗數(shù)次,100度干烤15分鐘,然后高壓滅菌除去depc.我們實(shí)驗(yàn)室一直是用170度考4小時(shí),且不準(zhǔn)離人,不準(zhǔn)過夜,可能是怕烤箱長(zhǎng)時(shí)間高溫,線路老化會(huì)發(fā)生危險(xiǎn)吧

提取RNA所用的槍頭,EP管。直接高壓烘干即可。如果用0.1%DEPC處理,要在DEPC配置后振搖1小時(shí)后再浸泡槍頭,EP管方有效。我做的都是將槍頭泡在配制好的depc中,搖振過夜,然后倒掉depc注意要到干凈,再高壓,為了防止仍殘留液體可120度干烤一會(huì)

A.對(duì)于提取RNA來說,我認(rèn)為關(guān)鍵的一點(diǎn)在于實(shí)驗(yàn)器材的準(zhǔn)備.包括從zui初的標(biāo)本的制備,保存,以及之后的試劑的準(zhǔn)備,勻漿器,鑷子,tip頭的去除RNase處理,尤其是去除RNase的DEPC處理步驟
B.您在處死大鼠前,先準(zhǔn)備好干凈的凍存管(用1.5ml的Ep管也可以,就是后面您在從液氮中取出的時(shí)候容易爆,您的注意安全),然后將去除的骨骼肌立即用干凈的剪刀分成半顆到一顆黃豆大小,裝入凍存管后立即投入液氮保存.個(gè)人認(rèn)為在這里使用裝標(biāo)本的管子沒必要用DEPC處理
C.在提取RNA之前,將試劑(TRIzol)和器械(tip頭,鑷子,勻漿器)都準(zhǔn)備好
D.從液氮取出標(biāo)本后,立即轉(zhuǎn)移進(jìn)入事先加入TRIzol的勻漿器內(nèi)(置冰上操作),立即勻漿,一直到標(biāo)本*碾磨碎,這個(gè)時(shí)候TRIzol液體成渾濁狀,而且勻漿器的壁上沒有太多的黏附組織,然后將TRIzol轉(zhuǎn)出,繼續(xù)后續(xù)的步驟.

1 Rnase是一種蛋白酶,能夠降解RNA。
2我們的手上皮膚上有很多,應(yīng)該是對(duì)我們的身體起保護(hù)作用。保護(hù)不被RNA病毒感染?或者什么的。
3 這個(gè)酶穩(wěn)定。要么在DEPC水中處理n小時(shí),要么在160度高溫烘烤6小時(shí)。此酶才會(huì)失效。
4 所謂DEPC,是一種叫做焦碳酸二乙酯的東西。有毒啊。所謂DEPC水,一般指兩種狀態(tài),a,配制 好未消毒;b,配制好已消毒。通過高壓消毒,該物質(zhì)會(huì)降解,從而無毒。
1 無菌蒸餾水中加入0.1%(v/v)焦碳酸二乙酯(DEPC),室溫?cái)嚢?小時(shí)以上至*溶解,高壓滅菌20分鐘,冷卻備用。這個(gè)是DEPC水的b狀態(tài)。
2 如果你要用DEPC水處理Tips等等東東,那么就要用高壓前的水,即DEPC水的a狀態(tài)。把槍頭管子等*浸泡至少8小時(shí),我一般都是過夜的,或者平時(shí)就泡在里面?zhèn)溆谩?/p>

RNA提取必須創(chuàng)造無RNase的環(huán)境,所有儀器與試劑均按照以下方法進(jìn)行處理 :研缽、研棒、藥匙、玻璃器皿等需在180℃烘干4h以上; 電泳槽、膠板、梳子、用0.1 %~0.2%DEPC水處理過夜或者用洗滌靈清洗干凈后用0.5%的SDS (Sodium dodecyl sulfate,抑制RNase的活性)浸泡過夜,然后用ddH2O沖洗干凈,晾干備用;離心管,槍頭等塑料器皿要用0.1%~0.2%DEPC水處理之后(DEPC有致癌之嫌,須小心操作)。37℃保溫12h以上,然后高壓滅菌,滅活DEPC ( Diethypyrocarbonate );溶液都需用經(jīng)DEPC處理過的水配置, RNA提取的所有操作應(yīng)盡可能在超凈工作臺(tái)上進(jìn)行。

我們研究所里提RNA用的槍頭和EP管都是高壓兩遍的,沒有用DEPC水處理。
1、有滅菌過的DEPC水,這一般是用來配75%乙醇用,因?yàn)橐掖既舾邏簻缇鷷?huì)揮發(fā),所以乙醇是新開封的。
2、沒有經(jīng)高壓滅菌的DEPC水,這主要是用于配你提RNA所用的其他試劑(所說的試劑是可以經(jīng)高壓滅菌的),總的來說,都得經(jīng)過高壓滅菌,目的就是要去除DEPC,以防止它以隨后實(shí)驗(yàn)的干擾。
3、DEPC處理水:無菌蒸餾水中加入0.1%(v/v)焦碳酸二乙酯(DEPC),室溫?cái)嚢?小時(shí)以上,121 度高壓滅菌20分鐘,冷卻備用。

凡是不能用高溫烘烤的材料如塑料容器等皆可用0.1%的焦碳酸二乙酯(DEPC)水溶液處理,再用蒸餾水沖凈。DEPC是RNA酶的化學(xué)修飾劑,它和RNA酶的活性基團(tuán)*的咪唑環(huán)反應(yīng)而抑制酶活性。DEPC與氨水溶液混合會(huì)產(chǎn)生致癌物,因而使用時(shí)需小心。試驗(yàn)所用試劑也可用DEPC處理,加入DEPC至0.1%濃度,然后劇烈振蕩10分鐘,再煮沸15分鐘或高壓滅菌以消除殘存的DEPC,否則DEPC也能和腺嘌呤作用而破壞mRNA活性。但DEPC能與胺和巰基反應(yīng),因而含Tris和DTT的試劑不能用DEPC處理。Tris溶液可用DEPC處理的水配制然后高壓滅菌。配制的溶液如不能高壓滅菌,可用DEPC處理水配制,并盡可能用未曾開封的試劑.

為啥在28s之后還是有影影約約的片斷?和模糊的smear?
這都與非變性電泳方式有關(guān)。RNA 的電泳,嚴(yán)格講是要使用變性電泳的,我們平時(shí)所知道的 RNA 電泳的知識(shí),實(shí)際上都是由變性電泳獲得的。但因?yàn)榉亲冃噪娪緦?shí)在是太方便了,同時(shí),就一般檢測(cè)而言,*可以替代變性電泳,所以我們?nèi)粘z測(cè)就都使用非變性電泳了。

電泳時(shí)間太長(zhǎng)了容易產(chǎn)生降解。是在120V左右。操作的時(shí)候有沒有注意戴口罩和手套,注意,手套要經(jīng)常換,不要太節(jié)約了。那樣也會(huì)影響RNA的質(zhì)量。無論你是提什么RNA只要是用異丙醇沉淀的,都得用75%的酒精洗滌一次。

1 樣品不要太多,抽提務(wù)必充分,室溫放置5min;
2 200ul氯仿 劇烈振蕩20s,室溫放置2-15min;
3 13000g 離心 15min;
4 取上層水相,一般400-450ul就足夠了,千萬不要貪多!
5 加入500ul異丙醇 搖勻,室溫放置10min;
6 12000g 離心 10min;
7 75%乙醇 1000ul 洗滌沉淀;
8 7500g 離心 5min;(12000轉(zhuǎn)速太高了吧,沉淀不容易溶解的)
9 棄乙醇,吸干凈殘余的微量乙醇, 室溫干燥3-5min;(時(shí)間太久沉淀不易溶解)
10 適量DEPC水溶解沉淀。
電泳的上樣量1ug,電泳buffer用DEPC處理的水配制,電泳時(shí)間不要太久,95V,10-15min足夠了。

建議跑RNA電泳。先用2%瓊脂糖膠,若分離效果不好,可用甲醛變性膠。在上樣緩沖液中注意加入RNA酶抑制劑。注意觀察帶形,質(zhì)量較好的RNA亮度 。28S:18S應(yīng)為2:1。還要注意觀察,在加樣孔或剛出加樣孔附近,有沒有帶, 若有,可能為基因組DNA污染。 OD值只有1.5,可能為基因組DNA污染。參考一下分子克隆3。上面有OD值與 污染DNA的關(guān)系。建議,酚氯仿抽提后,上清可少吸一些。提取后的RNA樣品可用無RNA酶的DNA酶消化一下。注意該酶的buffer中有一種物質(zhì)在OD260有吸光度,應(yīng)嚴(yán)格按照其protocol操作,減少誤差。
只要用DEPC處理過的水,打開一瓶新的無水乙醇(或者于RNA的,即只用處理過的槍頭取過乙醇的)配就可以了。DEPC高溫高壓時(shí)變成CO2和水,再加上乙醇也很容易氣化,可能是因?yàn)橛袣怏w產(chǎn)生吧,如果蓋子太緊容易發(fā)生瓶子破掉的事情。(我還從來沒有聽說過把乙醇高溫滅菌過)而且,濕熱滅菌本身不足以去除RNA酶,所以我覺得有時(shí)候,滅菌可能反而引入RNA酶污染也不一定哦

75%的乙醇用于提取RNA 時(shí)還是現(xiàn)用現(xiàn)配,乙醇是新的且以后不要用于其他方面,也就是留一瓶專門用于提取RNA。DEPC一般高壓滅菌30分鐘就可以了!
75%乙醇:滅菌后的千分之一DEPC水25ml+75ml無水乙醇.配好后裝入高溫烘烤的玻璃瓶中(160干烘四小時(shí)),或塑料器皿的用千分之一的DEPC泡12小時(shí)以上再滅30分鐘,存放于低溫冰箱4℃保存。

 

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