深圳子科生物報道：

世居高原的藏族人群對低氧環(huán)境的適應是人類適應性進化的典型例子，一直以來受到廣泛的關(guān)注。以往對于藏族高原適應的遺傳分析主要集中在基于二代短讀長測序數(shù)據(jù)的單核苷酸變異位點（Single Nucleotide Variants, SNVs）的研究，且發(fā)現(xiàn)了兩個與藏族高原適應相關(guān)的關(guān)鍵基因EPAS1和EGLN1，解釋了藏族人群較低血紅蛋白濃度這一適應表型。

然而，除了血紅蛋白濃度，藏族其他的高原適應特征（比如較高的通氣量、較低的肺動脈壓等）還不能被SNVs解釋。*，基因組上的大尺度結(jié)構(gòu)變異（Structural Variants，SVs）可能影響染色質(zhì)空間結(jié)構(gòu)及基因的表達調(diào)控，與疾病和進化表型也可能相關(guān)，但藏族人群基因組中的SVs對高原適應是否有貢獻僅有EPAS1基因下游一個大片段缺失的一例報道，缺乏對全基因組水平SVs的系統(tǒng)研究。

中國科學院昆明動物研究所宿兵課題組、西藏大學歐珠羅布教授與崔超英教授課題組與上海營養(yǎng)與健康研究所徐書華教授課題組、青海省高原醫(yī)學科學研究院吳天一教授課題組等經(jīng)過兩年多聯(lián)合攻關(guān)，完成了藏族人群高原適應研究的又一階段性成果，旨在利用長片段基因組數(shù)據(jù)從頭組裝藏族人群的高質(zhì)量參考基因組，以期解析藏族人群基因組中的大片段結(jié)構(gòu)變異對高原低氧環(huán)境的遺傳貢獻。

這一成果公布在10月《國家科學評論》雜志上，這是個藏族人群高質(zhì)量參考基因組?！　?/p>

為了系統(tǒng)解析藏族人群全基因組SVs，中科院昆明動物所宿兵教授、西藏大學歐珠羅布教授、上海營養(yǎng)與健康研究所徐書華教授和青海省高原醫(yī)學科學研究院吳天一院士等合作，利用三代長讀長測序技術(shù)以及多種輔助組裝技術(shù)，從頭組裝了一個高質(zhì)量的藏族人參考基因組（珠峰1號，ZF1）。

相比于目前已有的人類參考基因組，ZF1具有更好的序列連續(xù)性和完整性。利用該基因組，研究人員找到了17,900個ZF1中發(fā)生的 SVs，其中6,505個是ZF1有別于其他兩個東亞人（HX1和AK1）的SVs。功能富集分析發(fā)現(xiàn)這些ZF1*的SVs相關(guān)基因的功能顯著富集在一個重要的低氧通路——GTPase活性調(diào)控通路上。通過進一步的群體分析，研究人員發(fā)現(xiàn)了一個發(fā)生在MKL1基因內(nèi)含子上的163bp缺失，這個缺失在藏族和漢族群體中表現(xiàn)出顯著的頻率差異，且該缺失與藏族較低的肺動脈壓顯著相關(guān)。

另外，研究人員系統(tǒng)評估了藏族基因組中與古人類（尼安德特人和丹尼索瓦人）共享的基因片段，發(fā)現(xiàn)ZF1相比于其他東亞個體的基因組有更高的共享片段比例(1.32%-1.53%)。其中一個典型的例子是發(fā)生在SCUBE2基因內(nèi)含子上一個662bp的插入，分析發(fā)現(xiàn)該插入在藏族中富集并與藏族的肺功能顯著相關(guān)。

這一基因組是個利用長片段序列從頭組裝的藏族人群的高質(zhì)量參考基因組，并利用該基因組系統(tǒng)解析了藏族人群全基因組水平的結(jié)構(gòu)變異元件數(shù)據(jù)集，將會為今后藏族高原適應的醫(yī)學和進化研究提供重要的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)資源。

原文標題：

De novo assembly of a Tibetan genome and identification of novel structural variants associated with high altitude adaptation