8月9日，來自南開大學(xué)和北京師范大學(xué)的研究人員，在Nature子刊《Scientific Reports》發(fā)表題為“A ‘suicide’ CRISPR-Cas9 system to promote gene deletion and restoration by electroporation in Cryptococcus neoformans”的研究論文。這項(xiàng)研究提出了一種“自sha式” CRISPR-Cas9系統(tǒng)，使我們能夠通過后續(xù)的互補(bǔ)作用，驗(yàn)證基因的功能，并有可能減少脫靶效應(yīng)。因此，這項(xiàng)技術(shù)適用于新型隱球菌的功能基因組學(xué)研究。這項(xiàng)研究的通訊作者是南開大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院的朱旭東教授。作為原核生物的一種適應(yīng)性免疫機(jī)制，集群定期間隔短回文重復(fù)（CRISPR）和CRISPR相關(guān)（CRISPER-Cas）系統(tǒng)，使宿主能夠防御噬菌體和其他可移動(dòng)的元素和載體。CRISPR-Cas9系統(tǒng)在基因組編輯中的效力*，特別是難以進(jìn)行遺傳操縱的生物體。為了構(gòu)建這一系統(tǒng)，需要兩個(gè)基本組成部分：一個(gè)單一的嵌合引導(dǎo)性RNA（gRNA）成分，是通過將約20nt的靶序列RNA（crRNA）與一段訂制的細(xì)菌tracrRNA、以及細(xì)菌Cas9內(nèi)切酶的一個(gè)蛋白質(zhì)成分融合而產(chǎn)生的。

這一系統(tǒng)通常被轉(zhuǎn)化到宿主細(xì)胞以進(jìn)行功能表達(dá)。用以gRNA和Cas9核酸酶生產(chǎn)的表達(dá)組件將在很大程度上持續(xù)存在于宿主中——甚至在編輯過程完成后，作為異位整合副本或自由復(fù)制的DNA分子（minichromosomes）。因此，這種方法有其固有的缺陷，如Cas9內(nèi)切酶的潛在毒性和伴隨細(xì)胞增殖而積累的靶基因突變。觸發(fā)不良遺傳學(xué)變化的CRISPR-Cas9系統(tǒng)通常出現(xiàn)脫靶效用，在某些生物中CRISPR-Cas9是有細(xì)胞毒性的，包括釀酒酵母和裂殖酵母。

科學(xué)家在研究中遇到的另一個(gè)實(shí)際問題是，CRISPR-Cas9系統(tǒng)在細(xì)胞中的持久性，會(huì)阻止新生隱球菌（C. neoformans）中突變基因的修復(fù)，因?yàn)樵撓到y(tǒng)也靶定包含相同gRNA靶序列的互補(bǔ)基因。這種局限性代表了一個(gè)重要的問題，在編輯系統(tǒng)的實(shí)際應(yīng)用中必須解決，因?yàn)镃RISPR-Cas9表達(dá)組件的體內(nèi)存在，并不適于許多的應(yīng)用（例如，生物醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)）。即使是在微生物的實(shí)驗(yàn)室研究中，剩余的CRISPR-Cas9 DNA也會(huì)降低該系統(tǒng)作為基因組操縱工具的有利度。
擔(dān)子菌酵母新型隱球菌（C. neoformans）作為艾滋病相關(guān)真菌病和其他基本生物問題的一種模型，已經(jīng)得以廣泛的研究，并存在低的同源重組頻率，特別是D型菌株。目前已經(jīng)開發(fā)出來兩種不同的轉(zhuǎn)化系統(tǒng)——基因槍轉(zhuǎn)化和電穿孔轉(zhuǎn)化，通過同源重組破壞許多基因。然而，這些方法實(shí)現(xiàn)的同源重組頻率，在A型和D型菌株之間有著顯著的差異?；驑屴D(zhuǎn)化是一種昂貴的程序，可以通過同源重組實(shí)現(xiàn)A型菌株的基因破壞，頻率在2%和50%之間，而D型菌株系列的頻率在1%和4%之間。

此外，在D型菌株中，電穿孔轉(zhuǎn)化可引起1/1000到1/100,000的同源重組頻率。其他基因組編輯技術(shù)，例如鋅指核酸酶或TAL效應(yīng)物核酸酶（TALENS），在這種菌一直沒有相關(guān)報(bào)道。因此，構(gòu)建一個(gè)功能性CRISPR-Cas9系統(tǒng)來進(jìn)行靶向基因刪除和基因重組，用于酵母的毒性研究，有著重要的意義。

在這項(xiàng)研究中，研究人員報(bào)道了一種自發(fā)消除CRISPR-Cas9系統(tǒng)的方法，而不會(huì)影響其強(qiáng)大的編輯功能。該研究小組在一種內(nèi)源性U6啟動(dòng)子和人密碼子優(yōu)化的Cas9內(nèi)切酶的驅(qū)動(dòng)下，成功地表達(dá)了單個(gè)引導(dǎo)RNA。該系統(tǒng)可在酵母中有效地生成一個(gè)插入缺失突變，并通過電穿孔法，經(jīng)由同源同源性修復(fù)，有效地進(jìn)行靶向基因中斷。

然后，該研究小組通過CRISPR-Cas9表達(dá)組件到重組構(gòu)建的順式排列，證明了該系統(tǒng)的自發(fā)消除。在系統(tǒng)介導(dǎo)的雙交換之后，CRISPR-Cas9組件被裂解和降解，這可通過Southern blotting得以驗(yàn)證。這種“自傻式” CRISPR-Cas9系統(tǒng)，使我們能夠通過后續(xù)的互補(bǔ)作用，來驗(yàn)證基因的功能，并有可能減少脫靶效應(yīng)。因此，這項(xiàng)技術(shù)有潛力用于新型隱球菌的功能基因組學(xué)研究。

注：朱旭東，教授、博士生導(dǎo)師。1986年畢業(yè)于南開大學(xué)生物系，獲學(xué)士學(xué)位；1989年畢業(yè)于中國科學(xué)院微生物研究所，獲碩士學(xué)位；1989-1994年在中國科學(xué)院微生物所工作，任助理研究員、人事處處長；1994年8月赴美國康奈爾大學(xué)（Cornell University）留學(xué)，1999年1月獲博士學(xué)位；1999-2002年，在美國西北大學(xué)（Northwestern University）醫(yī)學(xué)院從事博士后研究工作；2002 -04年，在Illinois州立大學(xué)醫(yī)學(xué)中心工作。2005年回國?，F(xiàn)任中國微生物學(xué)名詞名稱審定委員會(huì)委員，國家留學(xué)基金委員會(huì)評(píng)審專家，中國微生物學(xué)會(huì)分析專業(yè)委員會(huì)委員、真菌專業(yè)委員會(huì)委員，《微生物學(xué)報(bào)》、《生物工程學(xué)報(bào)》編委。主持國家自然基金、“863”、“973”等項(xiàng)目。在國內(nèi)外學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文近60篇，參編專著2部，獲得授權(quán)3項(xiàng)。

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