地面水常常受到土壤、工業(yè)污水廢水、生活污水及各種雜志的污染，促使細菌滋生，有時每毫升水中細菌數(shù)可達幾萬乃至幾十萬個在有的水域里，大腸桿菌甚至達叔萬個以房。雖然在水處理的過程中，經(jīng)過混凝、沉淀（或澄清）、過濾等的凈化過程，黏附在懸浮物上的大部分細菌、大腸桿菌、屆原菌和其他二些微生物也一同被除去。但是，并不*，還存在一定量的對人體有害的微生物。
為了保障人民的健康，防止疾病的傳播，還必須進行水的消毒，以殺滅水中的病毒。我國“生活飲用水衛(wèi)生標準”中規(guī)定，在37℃培養(yǎng)24H的水樣中，細菌總數(shù)不超過100個/ml，大腸菌群每升水中不超過3個。為此在混凝澄清過濾之后還需進行消毒。在工業(yè)冷卻水處理中，為了防止循環(huán)水不產(chǎn)生生物粘泥，要控制循環(huán)水中的異養(yǎng)菌數(shù)不超過500000個/ml，因此，對于作為循環(huán)水系統(tǒng)補充水的過濾水，亦需要進行消毒殺菌處。在除鹽水處理系統(tǒng)，為了防止離子交換樹脂受到細菌的污染，也需要對其原水進行消毒殺菌。此外，消毒還可以除去水的色度。
水的消毒方法可分化學和物理的兩種。物理消毒方法有加熱法、紫外線法、超聲波等法?；瘜W方法有加氯法、臭氧法、重金屬離子法以及其他氧化劑法等。其中以加氯法適用zui為普遍，因為氯的消毒能力強，價格便宜，設(shè)備簡單，余氯測定方便；便于加量調(diào)節(jié)等優(yōu)點而得到廣泛應(yīng)用。
加氯法，除適用之外，還有氯的化合物，如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氯胺類以zui近國外在來自水廠中廣為應(yīng)用的二氧化氯——這是一種比氯的氧化性能更為強烈的氧化劑。消毒還可以用非氧化型殺生物劑，如氯酚類消毒劑和季銨鹽類化合物。zui近國外研制的二硫氰酸壓甲酯、鹽酸十二烷基胍、有機溴化物等，以及國內(nèi)研制成功的NL-4,SQ8等都是有效的消毒劑。此外，早期使用的還有銅鹽，如硫酸銅等殺生劑，這此都屬于化學方法的消毒。
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