一全自動(dòng)次氯酸鈉發(fā)生器的主要作用方式是通過(guò)其水解生成次氯酸，再進(jìn)一步分解生成新生態(tài)氧，其強(qiáng)氧化使菌體和上部蛋白質(zhì)等物質(zhì)變性，從而導(dǎo)致病源微生物死亡。實(shí)際上，氯消毒的原理也主要是以產(chǎn)生次氯酸，然后釋放出新的生態(tài)氧的方式來(lái)進(jìn)行。
通過(guò)化學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)PPM次氯酸鈉在水中幾乎*水解為次氯酸，其效率高達(dá)99.99%。它的程序可用化學(xué)方程簡(jiǎn)單表示如下：
naClO+h2O=hlo+naOH
hclo→hcl+[O]
次氯酸在消毒、殺毒過(guò)程中，不僅作用于細(xì)胞壁、外殼，而且由于次氯酸分子較小，不帶電荷，還能滲透到細(xì)菌體內(nèi)，與細(xì)菌的蛋白質(zhì)、核酸、和酶等有機(jī)大分子發(fā)生氧化反應(yīng)，導(dǎo)致病原微生物死亡。
R+HClO→R2NCl+H2O。
與此同時(shí)，次氯酸產(chǎn)生的氯離子可以明顯改變細(xì)菌和體內(nèi)的滲透壓，使細(xì)胞失去活力。
另外，次氯酸鈉還能分解殘留在蔬菜、水果和其他農(nóng)副產(chǎn)品上的微量藥。大多數(shù)殺蟲(chóng)劑是由有機(jī)物質(zhì)組成的，而次氯酸鈉釋放出的新態(tài)氧可以將這些物質(zhì)氧化分解。對(duì)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)、果蔬包裝業(yè)的發(fā)展無(wú)疑具有重要的促進(jìn)作用。

還可以肯定的是，由于全自動(dòng)次氯酸鈉發(fā)生器產(chǎn)生的消毒劑不像氯、二氧化氯等消毒劑在水中產(chǎn)生游離氯，因此一般很難形成由于游離氯的存在而產(chǎn)生的對(duì)人體有害的致癌物質(zhì)；也不像臭氧那樣，只要空氣中存在微弱的量(0.001mg/m3)，就會(huì)對(duì)生命造成傷害和毒害；而且，還不像氯與水反應(yīng)會(huì)形成鹽酸那樣，對(duì)金屬管道造成嚴(yán)重腐蝕。