盡管現在所有的注意力都集中到了蛋白芯片的研究上，蛋白質組研究實驗室的主流技術還是雙向凝膠電泳。雙向凝膠電泳在歷*由于其低通量、低重復性以及對于少量蛋白不易檢出的特性，其應用受到限制，這些少量蛋白通常是人類蛋白質組中zui重要的疾病相關蛋白。然而，雙向凝膠電泳技術的優(yōu)勢又繼續(xù)推動了日益進展高通量模式的細化與開發(fā)。
數碼蛋白質組芯片是Protein Forest公司的微化芯片，用于通過電荷和分子量大小在混和物中分離蛋白。在*維分離中采用的等電點分離可被有效地數字化，在第二維采用的標準電泳中避免了在線型梯度中常常會出現的模糊現象。公司執(zhí)行官Russell Garlick說：“采用等電點分離，精度的提高是關鍵所在，這樣就可以提高可重復性。"
通過微芯片進行分離只需要幾分鐘的時間，可以明顯的提高產量。芯片具有的靈敏度可以用來鑒定低豐度或者遷移率比較特殊的蛋白質。蛋白質可以被量化，從而在一種芯片格式中可以顯示蛋白質組范圍的表達概況，同時還設計出第二種格式用于后續(xù)的大規(guī)模譜系分析，用來鑒定出未知蛋白質。
數碼化蛋白質組芯片軟件包中包括用于解碼銀染色芯片所產生的灰度圖像的分析軟件，來制作一個輪廓圖和3維圖像。該軟件可以讓用戶開發(fā)出與外部數據庫兼容的內部數據庫，促進了蛋白鑒定與數據交換。
另外一種革新的方案就是蛋白質組系統(tǒng)的化學噴墨打印機（ChIP）。化學噴墨打印機采用的壓電打印技術噴射微量試劑到雙向凝膠的蛋白點上，從而通過這種電子印跡法將蛋白從凝膠轉移到聚偏二氟乙烯（PVDF）膜上。這一設備可以使研究者跨越笨拙的切除、消化、提取、提純以及目標識別等步驟。經處理以后，印跡膜可以直接在質譜儀上進行肽分析。該系統(tǒng)可以很容易地把2毫米的蛋白點分成4×4的試劑格，從而可以用不同的酶對一個單獨樣本進行同步分析。
蛋白分離并不于固相工具。Beckman Coulter提供了一個叫做ProteomeLab的流體系統(tǒng)，用于2-D蛋白分離以及液相色譜分析。色譜聚焦法的下一步是進行無孔反相層析來對復雜混合物中的蛋白進行高分辨率分離。液體成份可被貯存或者進行電噴離子化分析——即質譜（MS）或用于基質輔助激光解吸附電離（MALDI）的平板點樣檢測。
相類似的是，Eksigent Technologies公司的NanoLC-2D蛋白質組系統(tǒng)將自動化的2-D高性能液相色譜分析與的納米級梯度以及簡單操縱相結合，從而促進了多維肽分析。NanoLC-2D系統(tǒng)采用Eksigent的直泵式納米微流技術，使得LC/MS蛋白質組研究的檢測靈敏度以及重復性得以提高。通過自動化運行2-D肽分離，如用于分析膜肽的MudPIT方法，它還增長了便利性。
