一、設(shè)計(jì)原理
1.選擇合適的靶序列:設(shè)計(jì)引物之前,必須分析待測(cè)靶序列的性質(zhì),選擇高度保守、堿基分布均勻的區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計(jì)。
2.長(zhǎng)度:一般來(lái)說(shuō),寡核苷酸引物長(zhǎng)度為15-20bp.
3.Tm值:引物的Tm值一般控制在55-60℃,盡可能保證上下游引物的Tm值一致,一般不超過(guò)2℃。若引物中的G+C含量偏低,則可以使引物長(zhǎng)度稍長(zhǎng),而保證一定的退火溫度。
4.(G+C)含量:有效引物中(G+C)的比例一般為40~60%。
5.堿基的隨機(jī)分布:引物中四種堿基的分布是隨機(jī)的,不存在聚嘌呤和聚嘧啶,尤其在引物的3’端不應(yīng)超過(guò)3個(gè)連續(xù)的G或C.
6.引物自身:引物自身不存在連續(xù)4個(gè)堿基以上的互補(bǔ)序列,如回文結(jié)構(gòu),發(fā)夾結(jié)構(gòu)等,否則會(huì)影響到引物與模板之間的復(fù)性結(jié)合,尤其避免3’末端的互補(bǔ)。
二、引物設(shè)計(jì)操作流程
序列下載
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同源性比較
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引物設(shè)計(jì)篩選
1.序列查找
根據(jù)所需檢測(cè)的病原體或者待檢特定基因,序列。
引物設(shè)計(jì)的原理與程序
2、同源性比較 主要有兩種方法