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如何選擇Z佳的全血DNA、RNA提取方法?

2010年03月09日 09:59:31人氣:3487來源:上海勁馬實驗設(shè)備有限公司

從全血中提取DNA和RNA應(yīng)該說是zui基本的工作了,提取的DNA和RNA質(zhì)量的好壞直接影響了下游的實驗和分析,可供選擇的方法非常多,亂花漸欲迷人眼,如何選擇的方法,成了很多人實驗開始前zui難以抉擇的事情。我們從兩個方面,層層剝繭,分析*的實驗方法。
 
1、 全血的采集保存和DNA的提取
I.       用 含抗凝劑的采血管進行采血,抗凝劑一般有EDTA和肝素,EDTA更好一些,不會影響下游的反應(yīng),如果沒有采血管,也可以自己添加抗凝劑EDTA,提前準(zhǔn) 備0.04M的EDTA溶液,每5ml的血液中加入0.4ml配好的EDTA溶液,顛倒混勻即可。保存于-20℃至-80℃,一般2-3年內(nèi)均可以提取,保存時間越短,提取的質(zhì)量越高,在2個月內(nèi)提取。
II.       DNA提取方法的選擇:全血提取試劑盒一般有離心柱和溶液型兩種(比如Qiagen、 Promega、Bioteke;摒棄酚氯仿手提的方法,時間長毒性大),原理及步驟基本相同。雖然各公司推出了N多型號,讓人不知如何去選擇,但從原理 和操作步驟看,基本就是離心柱和溶液型兩種。一般來說,離心柱(DP1801)的提取純度高一些,但是處理量?。?.1-1ml)、得率略低;溶液型 (DP2101或DP2201)的提取量大(1-10ml)得率也高于離心柱。醫(yī)院的血液標(biāo)本一般在2ml以上,一般選擇溶液型的方法提取.在說到國產(chǎn)和 進口差別的時候,很多人以為進口一定比國產(chǎn)的好,我們覺得沒有,只有更好!在不斷的進行試驗優(yōu)化之后,全血基因組DNA提取試劑盒DP2101或 DP2201開創(chuàng)了第三代技術(shù),不需要蛋白酶K消化,進口的都是要借助蛋白酶K的??!DP2101或DP2201減少了蛋白酶K現(xiàn)配現(xiàn)用的麻煩和消化的時 間,而且提取量和穩(wěn)定性更好。
III.     非抗凝血(凝固血)能否提?。看鸢甘强隙ǖ?,而且一點都不麻煩,提取效果和抗凝血沒有差別!在你找遍了進口的所有品牌都找不到后,回過頭來您才發(fā)現(xiàn)原來他就在身邊,百泰克的凝固血基因組DNA提取試劑盒已經(jīng)有很多忠實的用戶。
2、 全血RNA如何提取
I.       全血RNA提取過程哪些是RNA降解的因素?
全血中RNA酶是非常豐富的,RNA在沒有保護的狀態(tài)下很 容易降解!哪些是狀態(tài)RNA不受保護呢,比如紅細胞裂解液裂解紅細胞的過程,紅細胞裂解液是低濃度的平衡鹽溶液,沒有抑制RNase的成份,這時候RNA 不受保護;DNA酶消化的時候RNA也不受保護,這個時候也沒有抑制RNase的成份。
II.    什么樣的提取方法更好?
       我們在選擇方法的時候要傾向于對RNA全程有保護的方法!一般的方法都是先用紅細胞裂解液裂解紅細胞,然后從白細胞提取核酸,還要經(jīng)過DNA酶的消化去除DNA,這種并不是的方法,過程中有很多RNA降解的因素。所以直接裂解法是的方法,將采集的血液迅速加入3倍體積的裂解液RLS——血液(液體樣本)總RNA快速提取試劑盒(離心柱型)的裂解液,迅速顛倒混勻。裂解液RLS含有強烈的蛋白變性劑,能迅速變性蛋白,是RNase變性,不能對RNA降解。裂解后的混合液還可以用來運輸,以避免RNA降解,這個方法成為博奧生物制作表達譜芯片RNA運輸和提取的推薦方法


農(nóng)藥、除草劑、各種污染物、人工合成物等異生物質(zhì),對環(huán)境和土壤微生物的多樣性、種群變化產(chǎn)生明顯影響;轉(zhuǎn)基因作物是否發(fā)生土壤基因轉(zhuǎn)移的檢測,轉(zhuǎn)基因作物的安全性評價等
方面的研究,都需要準(zhǔn)確的提取高質(zhì)量的DNA進行檢測!

土壤中可培養(yǎng)的微生物可能不及所有微生物總數(shù)的0.3%,常規(guī)提取DNA的方法很難提取到DNA,很難把土壤中的腐殖酸去除干凈,而微量的腐殖酸就可能導(dǎo)致PCR失敗。

目前上商用的試劑盒雖然能提取到土壤中微生物的DNA,但由于破碎方法采用玻璃珠或者鋼珠破碎,導(dǎo)致基因組斷裂嚴重,影響DNA質(zhì)量;第二,由于必須購買破碎的破碎機或振蕩器,增加其使用成本;第三,其試劑盒為了保證DNA純度,采用了包括玻璃奶、離心吸附柱串聯(lián)的純化方式,導(dǎo)致了DNA大量的損失,得率很低,很難真正反映出土壤中微生物的多樣性。

百克推出的土壤基因組DNA快速提取試劑盒(DP4001)采用創(chuàng)新技術(shù),摒棄了機械破碎細胞的方法,采用酶法破碎,保證了基因組的完整性,摒棄了玻璃奶、離心吸附柱串聯(lián)純化DNA的方式,極大的提高了DNA的得率,幾乎土壤中所有的微生物DNA都能提取出來,能真正反映土壤中微生物的多樣性!

關(guān)鍵詞:芯片 破碎機 振蕩器
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