伴隨著生物技術(shù)的發(fā)展，水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)越來越多地運用生物工程技術(shù)來減少廢水排放量和污染物數(shù)量。比如用微生物發(fā)酵生產(chǎn)和遺傳工程技術(shù)將合成特定氨基酸的基因克隆進入微生物的細胞質(zhì)中，然后借助微生物的增殖來生產(chǎn)蛋白質(zhì)魚類飼料，可以提高魚對飼料的利用率，降低氮的排泄物，減少廢水中氮的濃度；利用生物篩選技術(shù)和基因工程培育一些去污能力強的植物(特別是藻類)和微生物來凈化水產(chǎn)養(yǎng)殖廢水；利用生物工程對魚類進行生理修正，使魚類提高耐污能力和減少排泄物，比如Phelps培育的魚類對沙門氏菌屬形成抗體，這種魚類就可以在污染水體中生長。鄭耀通等對具有凈化水產(chǎn)養(yǎng)殖水體的紫色非硫光合細菌進行了分離和篩選，篩選出來的紫色非硫光合細菌既有很強的凈水能力，又是魚類的飼料。目前國內(nèi)的研究主要集中在光合細菌在水產(chǎn)養(yǎng)殖水體凈化中的應用。

　　由于養(yǎng)殖廢水中的剩余殘餌和養(yǎng)殖生物排泄物等大部分以懸浮態(tài)大顆粒形式存在，因此采用物理過濾法去除是zui為快捷、經(jīng)濟的方法。常用的過濾設備有機械過濾器、壓力過濾器、沙濾器等。在實際處理工程中，機械過濾器(微濾機)是應用較多、過濾效果較好的方式。沸石過濾器兼有過濾與吸附功能，不僅可以去除懸浮物，同時又可以通過吸附作用有效去除重金屬、氨氮等溶解態(tài)污染物。

　　活性污泥法是以活性污泥為主體的廢水生物處理的主要方法?；钚晕勰喾ㄊ窍驈U水中連續(xù)通入空氣，經(jīng)一定時間后因好氧性微生物繁殖而形成的污泥狀絮凝物。其上棲息著以菌膠團為主的微生物群，具有很強的吸附與氧化有機物的能力。

　　典型的活性污泥法是由曝氣池、沉淀池、污泥回流系統(tǒng)和剩余污泥排除系統(tǒng)組成。

　　污水和回流的活性污泥一起進入曝氣池形成混合液。從空氣壓縮機站送來的壓縮空氣，通過鋪設在曝氣池底部的空氣擴散裝置，以細小氣泡的形式進入污水中，目的是增加污水中的溶解氧含量，還使混合液處于劇烈攪動的狀態(tài)，形懸浮狀態(tài)。溶解氧、活性污泥與污水互相混合、充分接觸，使活性污泥反應得以正常進行。

　　*階段，污水中的有機污染物被活性污泥顆粒吸附在菌膠團的表面上，這是由于其巨大的比表面積和多糖類黏性物質(zhì)。同時一些大分子有機物在細菌胞外酶作用下分解為小分子有機物。

　　海水工廠化養(yǎng)殖廢水存在養(yǎng)殖生物排泄物等懸浮物，以及氨氮、可生物降解有機物等物質(zhì)，而且也存在難生物降解有機物。因此，利用臭氧、過氧化氫、二氧化氯、漂白液等化學氧化劑的氧化作用，氧化分解難生物降解溶解態(tài)有機物是養(yǎng)殖廢水深度處理的主要手段。因此采用O3/UV工藝，既能提高處理效率又可減少臭氧的用量。用O3/UV技術(shù)凈化湖水可達到水質(zhì)凈化及水體增氧的目的。

　　臭氧的凈化原理在于它在水中的氧化還原電位為2.07 V，高于氯(1.36 V)和二氧化氯(1.5 V)。它能夠破壞和分解細胞的細胞壁(膜)，迅速擴散滲入細胞內(nèi)，從而殺死病原菌。臭氧在水中分解的中間物質(zhì)羥基自由基(?OH)，具有很強的氧化性，可以分解一般氧化劑難分解的有機物。因此，用臭氧處理廢水，既能夠迅速滅除細菌、病毒和氨等有害物質(zhì)，又能增加水中溶解氧，從而達到凈化養(yǎng)殖廢水的目的。