大氣是由多種氣體組成的混合物，營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)貧乏，理化條件多變，并非是微生物的天然生境。存在于大氣中的微生物主要來(lái)自各種污染源。例如，① 寄生在人和動(dòng)物體內(nèi)的微生物，可以從呼吸道排出直接污染大氣，也可以隨排泄物（唾液、痰液、膿汁、糞便等）排至地面，然后隨飛揚(yáng)的灰塵進(jìn)入大氣。 ② 土壤里的微生物，可附著在細(xì)小的土壤顆粒上，并被風(fēng)懸浮于大氣中。③ 水體內(nèi)的微生物，則可被水面吹起的小水滴和氣溶膠攜帶至大氣。污染大氣的微生物種類(lèi)較多。其中，八疊球菌、細(xì)球菌、枯草桿菌以及霉菌的孢子等對(duì)外界環(huán)境有很強(qiáng)的適應(yīng)能力，可在大氣中長(zhǎng)期停留。

室外空氣中的微生物數(shù)量與許多因素（人口密度、植物數(shù)量、土壤和地面的鋪墊情況、以及氣流、氣溫、濕度、日照等）有關(guān)。一般的垂直分布規(guī)律為：近地面空氣中的微生物含量較大，隨高度上升逐漸減少，至大氣上層*消失。室內(nèi)空氣中的微生物數(shù)量通常高于室外。在通風(fēng)不良、人員擁擠時(shí)，菌體密度更高。在未經(jīng)消毒的醫(yī)院病房里，甚至可能出現(xiàn)大量的病原微生物，如結(jié)核桿菌、白喉?xiàng)U菌、葡萄球菌、溶血鏈球菌、麻疹病毒、流行性感冒病毒等。空氣的傳播能力很強(qiáng)，一旦病原菌進(jìn)人其中，便有可能使空氣成為傳播媒介，造成這些傳染病流行。 2003 春 SARS 病毒即是主要通過(guò)空氣飛沫近距離傳播的。

某些微生物代謝產(chǎn)物，尤其是某些氣態(tài)產(chǎn)物如甲烷、硫化氫和氮氧化物等，也可污染大氣。由分布于沼澤、水稻田、江河海洋湖泊沉積物等厭氧生境中的產(chǎn)甲烷細(xì)菌產(chǎn)生的甲烷，硝化作用和反硝化作用過(guò)程中形成的氮氧化物，都是對(duì)氣候變暖有重要貢獻(xiàn)的溫室效應(yīng)氣體。甲烷是僅次于二氧化碳的第二個(gè)重要的溫室效應(yīng)氣體，且就單個(gè)分子而言，對(duì)于溫室效應(yīng)的貢獻(xiàn)甲烷要比二氧化碳大好多倍。在富含硫氧化物的厭氧生境中，由硫酸鹽還原細(xì)菌形成的硫化氫散發(fā)入大氣，造成局部大氣環(huán)境的污染，產(chǎn)生令人不愉快的惡臭氣味，甚至可引起人類(lèi)和動(dòng)物的窒息和中毒。

防治大氣微生物污染的措施是：① 室內(nèi)通風(fēng)，借助氣流來(lái)稀釋和排除室內(nèi)的微生物。影劇院、禮堂、會(huì)議室等人員擁擠的場(chǎng)所，均應(yīng)采取這一措施。這也是防治非典的一個(gè)有效方法。 ② 空氣過(guò)濾，對(duì)空氣清潔程度要求高的場(chǎng)所，如手術(shù)室、無(wú)菌實(shí)驗(yàn)室等，可采用過(guò)濾器過(guò)濾空氣，以除去帶菌塵埃。③ 空氣消毒，用物理法或化學(xué)法殺滅空氣中的微生物。物理法主要是用紫外線照射?；瘜W(xué)法主要是噴灑或熏氯甲醛、乙酸、次氯酸鈉（或漂白粉）、三乙烯乙二醇、過(guò)氧乙酸、丙二醇等化學(xué)藥劑。