細(xì)菌污染會(huì)造成基因研究出現(xiàn)偏差

【資料簡介】

來自瑞典林雪平大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)表明，一種令人費(fèi)解的細(xì)菌中常見DNA修飾在人類或其他哺乳動(dòng)物中并不存在。該研究表明，動(dòng)物中表觀遺傳標(biāo)記6mdA的檢測可能是所用技術(shù)的局限性和樣品的細(xì)菌污染造成的。

幾年前，一些相關(guān)研究的發(fā)表，引起了遺傳學(xué)研究者的興趣。這些研究檢查了一個(gè)特殊的表觀遺傳標(biāo)記，即影響DNA序列在不同細(xì)胞中使用方式的DNA修飾。這個(gè)標(biāo)記以前從未在多細(xì)胞生物中觀察到。相比之下，這種被稱為“6mdA”的標(biāo)記在細(xì)菌中較為常見，它在保護(hù)細(xì)菌免受病毒侵害方面發(fā)揮著重要作用。

許多研究團(tuán)隊(duì)的報(bào)告稱，他們在多種動(dòng)物物種甚至人類細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了6mdA，這不僅引起了研究界的興趣，也引發(fā)了一些問題。其中一個(gè)與檢測到的6mdA水平有關(guān)，這個(gè)水平非常低，以至于科學(xué)家們懷疑這樣一個(gè)罕見的表觀遺傳信號(hào)是否真的有作用。

在這些初步報(bào)告之后，一些其他已發(fā)表的研究無法在動(dòng)物中檢測到6mdA。正如許多其他研究團(tuán)隊(duì)一樣，林雪平大學(xué)生物醫(yī)學(xué)和臨床科學(xué)系研究員Colm Nestor博士團(tuán)隊(duì)也開始研究這種令人費(fèi)解的表觀遺傳信號(hào)。然而，他們無法在人體或小鼠細(xì)胞中檢測到。他們在兩個(gè)人體細(xì)胞樣本中檢測到了6mdA，但結(jié)果發(fā)現(xiàn)兩個(gè)樣本都被支原體細(xì)菌污染。

研究人員懷疑表觀遺傳標(biāo)記來自細(xì)菌而不是人體細(xì)胞。他們用抗支原體的抗生素治療細(xì)胞后，發(fā)現(xiàn)6mdA信號(hào)消失。

研究人員認(rèn)為，支原體污染是表觀遺傳學(xué)研究中被低估的問題。他們發(fā)現(xiàn)的支原體菌株在健康人群中很常見，通常不會(huì)對健康造成任何負(fù)面影響。由于支原體細(xì)菌不僅可以存在于細(xì)胞外，也可以存在于人體細(xì)胞內(nèi)，因此該細(xì)菌可能存在于人類樣品中，但未被檢測到。對于大多數(shù)類型的細(xì)菌，研究人員可以很容易地檢測出實(shí)驗(yàn)室培養(yǎng)的細(xì)胞是否受到污染。然而，支原體污染的情況并非如此，它需要特殊的檢測方法。

研究人員很快發(fā)現(xiàn)，不僅支原體細(xì)菌給研究6mdA標(biāo)記的研究人員帶來了問題。他們還發(fā)現(xiàn)了檢測這種表觀遺傳修飾的幾種方法的問題。

研究通訊作者Nestor說：“我們意識(shí)到，這些技術(shù)檢測到的6mdA‘信號(hào)’只是噪音。然而，由于一些復(fù)雜的技術(shù)問題，其中一些方法中的背景噪聲不是隨機(jī)的，而是一個(gè)真實(shí)的信號(hào)?，F(xiàn)在，我們可以毫無疑問地說，哺乳動(dòng)物中不存在6mdA。”

Nestor認(rèn)為，哺乳動(dòng)物中6mdA的研究報(bào)告來自于在學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表的執(zhí)行良好的研究。這是非常不尋常的，作為*不同的人工制品，有幾種方法給出了類似的誤導(dǎo)性結(jié)果。

Nestor說“當(dāng)我們分析非常罕見的現(xiàn)象時(shí)，我們必須要非常小心，并考慮我們是否真的可以用我們選擇的方法來測量它們。關(guān)于6mdA，如果研究人員停止研究一些根本不存在的東西，那就可以節(jié)省很多寶貴的時(shí)間和金錢，避免更多的失望