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當(dāng)前位置:齊一生物科技(上海)有限公司>>公司動態(tài)>>DNA把細胞的記憶“錄”下來
細胞要是能講話,肯定會有一番長篇大論值得講:擦身而過的分子們、給鄰居細胞發(fā)送的信號,它們自己生長變化的過程……這些事件一同構(gòu)成了細胞的生活史。
盡管研究人員還談不上賦予細胞講話的能力,但他們現(xiàn)在能給細胞裝備某種記憶功能,在細胞生命歷程中記錄下幾周內(nèi)的片段。這種新的方法利用DNA鏈來儲存數(shù)據(jù),科學(xué)家能夠?qū)@些數(shù)據(jù)進行解讀。zui終,這樣的細胞能被應(yīng)用到諸多地方,例如能作為環(huán)境傳感器報告與特定化學(xué)物質(zhì)接觸的情況。
過去,研究人員以開啟或關(guān)閉特定蛋白的表達來作為細胞對某種刺激的回應(yīng),以此把細胞變成簡單的傳感器。但是每一次開關(guān)都只能記錄一條簡單的信息——細胞是否曾經(jīng)受到過刺激——而無法記錄接受刺激的時長或者規(guī)模。而且如果細胞死亡,隱藏在蛋白質(zhì)中的信息就會丟失。“我們想要更容易規(guī)?;南到y(tǒng),好采集到更多的信息。”麻省理工學(xué)院的合成生物學(xué)家盧冠達(Timothy Lu)說,“作為工程師,我們開始思考一個理想的記憶系統(tǒng)會是什么樣子的。”
他的團隊后來選中了一套生物程序,能讓活細胞在接觸到信號的時候——無論是收到閃光刺激還是暴露在某種化學(xué)物質(zhì)中——重寫自己的DNA。一旦DNA被改寫,哪怕細胞死亡,信息也仍然被封存在DNA中。所以,通過對攜帶這一程序的細胞群體進行基因測序,研究人員就可以確定特定信號的規(guī)模和持續(xù)時間:擁有基因突變的細胞越多,就意味著細胞接觸的信號越強或者歷時越長。
在目標(biāo)刺激存在時,質(zhì)粒(灰色)會產(chǎn)生單鏈DNA(橙色曲線)。這些DNA被整合到特定的基因組座位(橙色圓圈)上。通過這種途徑,突變(綠色細胞中的星號)的累積得以用來衡量細胞所接受的目標(biāo)刺激的強度與時長。
這種方法被取名為“SCRIBE”(Synthetic Cellular Recorders Integrating Biological Events)英文縮寫的意思正好是“抄寫員”。這個方法依賴于逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng)——逆轉(zhuǎn)錄酶在一些細菌中天然存在,是細菌遺傳系統(tǒng)的組成部分。借助逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng),這些細菌能產(chǎn)生單鏈DNA,并利用它們來改變宿主。盧冠達的團隊從細菌細胞做起。他們向細菌中插入了一套逆轉(zhuǎn)錄酶系統(tǒng),這套系統(tǒng)只有在對特定刺激(比如某種化學(xué)物質(zhì))做出應(yīng)答時才會激活,產(chǎn)生出*的DNA。當(dāng)細胞進行DNA復(fù)制時,那段新的DNA就會替換掉原基因組中的一段近乎*相同的DNA片段,使得細胞的基因發(fā)生輕微的變化。
盧冠達在一系列細胞中檢驗了SCRIBE的成效。有的細胞被他改造得能夠感知光線,其他一些細胞則能對一種常見的生物試劑做出應(yīng)答。在一個例子中,經(jīng)他改造的細胞在受到光刺激時會產(chǎn)生抗生素抗性基因。這樣,研究者很容易就能讀取細胞的“記憶”:當(dāng)細胞在有抗生素存在的環(huán)境中被培育時,研究人員可以立刻看出哪些細胞攜帶著新的基因。對細菌基因組的測序證實了這個結(jié)果。SCRIBE還可以被設(shè)計用來感知其他刺激,并產(chǎn)生任何人們需要的基因變異。
“這套系統(tǒng)有很多潛在應(yīng)用。”盧冠達說,“其中之一是對細胞所在的生存環(huán)境做記錄。”他舉例稱,人們可以把活細胞留在一片水域中一星期,然后再回收。對細胞DNA進行測序可以檢測它們是否接觸過水中的特定細菌或者毒素。
對于基礎(chǔ)研究人員來說,SCRIBE可能也會非常有用,盧補充道。“在發(fā)育的過程中,你從一個單獨的細胞變成一個多細胞有機體,每一個細胞都會受到不同的指引。”他說。SCRIBE能夠讓研究人員記錄下每個細胞遭遇的刺激如何影響其命運。
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