新技術(shù)突破單分子測(cè)序限制

時(shí)間：2012-4-23閱讀：488

一個(gè)概念上不同的方法就是納米孔測(cè)序，這種方法是讓單鏈DNA通過某種膜上的小孔，利用孔中變化的電流來讀取堿基序列信息。近期在基因組生物與技術(shù)大會(huì)（Genome Biology and Technology meeting）上，來自O(shè)xford Nanopore的技術(shù)總監(jiān)Clive Brown報(bào)道了他們完成的兩個(gè)病毒基因組序列，這些序列具有單復(fù)合堿基讀長（single multikilobase reads）的特點(diǎn)。

然而盡管如此，納米孔測(cè)序技術(shù)仍然未得到證明，除非這些結(jié)果能夠發(fā)表，未來會(huì)告訴我們這一技術(shù)能走多遠(yuǎn)。

同時(shí)進(jìn)行監(jiān)測(cè)的磁珠數(shù)目決定了密度可能與目前擴(kuò)增的測(cè)序儀相同（比如HiSeq 2000每平方毫米約75萬次），這受限于磁珠的大小，連接DNA模板的長度，以及光學(xué)分辨率限制。

成像速度受限于磁珠的機(jī)械運(yùn)動(dòng)，而這又由拉動(dòng)力決定。有可能速度能達(dá)到每秒至少十微米（等同于游動(dòng)細(xì)菌的速度），也就是說一秒鐘能完成十個(gè)開閉循環(huán)。而實(shí)際上發(fā)夾結(jié)構(gòu)熔合和退火動(dòng)力學(xué)并不大可能受到限制，因此成像速度也許可以比每秒一張圖像更快。這似乎能滿足目前商業(yè)化“新一代”測(cè)序儀的要求，大大延長讀長。但是納米孔測(cè)序一旦成功，將難以匹敵——因?yàn)檫@種技術(shù)讀長能達(dá)到100kb，比目前的儀器通量更大。

然而即使這項(xiàng)成果提出了令人信服的證據(jù)，但這離實(shí)際操作，*測(cè)序方法還遠(yuǎn)。相反這一技術(shù)更多的也許是提出了許多可能性，比如定位將有助于提升單核苷酸差異檢測(cè)。這也開啟了合成測(cè)序的可能性。

另外一方面，這種技術(shù)也有可能利用快速操控磁場(chǎng)，進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)控測(cè)序。這些前景都很誘人，因?yàn)樗恍枰貜?fù)循環(huán)的試劑，從而簡(jiǎn)化了儀器設(shè)計(jì)。

毫無疑問，未來將會(huì)有更多研究人員探索這些，并進(jìn)一步發(fā)展磁鑷測(cè)序方法。

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