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奧林巴斯顯微鏡圖像處理軟件cellSens

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奧林巴斯顯微鏡圖像處理軟件cellSens

詳細(xì)介紹

奧林巴斯cellSens平臺(tái)根據(jù)操作者偏好的工作流程,創(chuàng)造了一種的個(gè)性化和直觀的成像體驗(yàn)。在使用cellSens時(shí),可以通過(guò)顯示畫(huà)面和放置的圖標(biāo)、工具欄來(lái)實(shí)現(xiàn)的控制,從而簡(jiǎn)化桌面,增強(qiáng)效率。 
cellSens便于使用,功能強(qiáng)大且靈活。軟件使用了模塊設(shè)計(jì),可以根據(jù)預(yù)算,及成像應(yīng)用進(jìn)行選配。這就使該軟件能夠不斷發(fā)展并滿(mǎn)足研究的需求。


cellSens軟件包

cellSens Entry

cellSens Entry是初次進(jìn)行數(shù)字圖像采集和文件記錄的研究人員的理想選擇。奧林巴斯的cellSens Entry通過(guò)的定制化界面對(duì)相機(jī)進(jìn)行控制,確保了每一位用戶(hù)都可以使用自己的設(shè)置采集到想要的圖像。

cellSens Standard

奧林巴斯cellSens Standard是基于cellSens Entry的升級(jí)軟件包,圖像采集不限于單一圖像,同時(shí)具有高級(jí)圖像采集處理能力(比如延時(shí)處理),并可以控制電動(dòng)和編碼顯微鏡組件。測(cè)量功能也得到擴(kuò)展,具有多種形態(tài)參數(shù),以及交互功能且不會(huì)影響已測(cè)量過(guò)的圖像即可自由編輯測(cè)量目標(biāo):僅需要單擊即可將所有結(jié)果導(dǎo)出到Microsoft Excel。cellSens Standard采用了可以增加更多的“Solutions"以增加更多的功能,因此具有可擴(kuò)展性。全景成像和景深擴(kuò)展使顯微鏡不再受到其光學(xué)成像的限制,而NetCam功能使該設(shè)備能夠方便而自由地通過(guò)局域網(wǎng)或互聯(lián)網(wǎng)投射實(shí)時(shí)圖像,用于協(xié)作和教學(xué)目的。

cellSens Dimension

奧林巴斯cellSens系列產(chǎn)品中的成員是cellSens Dimension,它具有一種而突出的性能,即新的圖形化實(shí)驗(yàn)管理系統(tǒng)。不用花費(fèi)時(shí)間培訓(xùn),初學(xué)者僅需點(diǎn)擊幾次鼠標(biāo),“制定"出實(shí)驗(yàn)計(jì)劃,即可完成對(duì)復(fù)雜研究的成像以及穩(wěn)定的控制。以自動(dòng)循環(huán)、用戶(hù)交互和的硬件控制來(lái)完成復(fù)雜的實(shí)驗(yàn),并從一次實(shí)驗(yàn)中自動(dòng)產(chǎn)生多個(gè)結(jié)果。cellSens Dimension進(jìn)一步以cellSens standard的功能為基礎(chǔ)做了升級(jí),提供包括Z-序列采集、自動(dòng)對(duì)焦和實(shí)時(shí)圖像的去模糊等功能。除了能夠控制第三方相機(jī)和光源外,還可以使用高級(jí)分析工具快速處理采集到的數(shù)據(jù),然后輕松地發(fā)送到可定制的報(bào)告中,使報(bào)告編輯人可以很容易地直接使用Microsoft Word進(jìn)行編輯。此外,還具有被稱(chēng)為“Solutions"的選配擴(kuò)展插件,以實(shí)現(xiàn)一些高級(jí)或其他特定的功能。

cellSens Dimension Desktop

離線處理和分析??蓪⑷魏斡?jì)算機(jī)變?yōu)橐粋€(gè)處理和分析工作站。離線軟件包不包括顯微鏡成像系統(tǒng),僅用來(lái)實(shí)現(xiàn)圖像處理和分析。


圖像采集和實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

直觀操作進(jìn)行高級(jí)的圖像采集

圖形化實(shí)驗(yàn)管理系統(tǒng) (GEM)

的圖形化實(shí)驗(yàn)管理系統(tǒng)(GEM)放棄了常見(jiàn)的基于面板的復(fù)雜界面,允許用戶(hù)簡(jiǎn)單地在屏幕上“繪制"實(shí)驗(yàn)計(jì)劃,即可進(jìn)行復(fù)雜的成像??梢詫D標(biāo)與特定的“幀"組合使用,以實(shí)現(xiàn)多通道、Z-序列和延時(shí)采集的任何組合,還能在不同的樣本位置同時(shí)實(shí)施相同或不同的實(shí)驗(yàn)??梢栽趯?shí)驗(yàn)過(guò)程中設(shè)定用戶(hù)交互,以及如果需要,直接控制任何顯微鏡電動(dòng)部件。一次實(shí)驗(yàn)可以有多個(gè)輸出,從而避免了多次采集,并且與奧林巴斯實(shí)時(shí)控制器組合使用后,可以地同步外部設(shè)備的控制,以提高整個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的靈活性。

圖形化實(shí)驗(yàn)管理系統(tǒng) (GEM) 圖形化實(shí)驗(yàn)管理系統(tǒng) (GEM)


多維成像

與電動(dòng)顯微鏡組合使用時(shí),進(jìn)程管理系統(tǒng)很方便的采集多色和多維圖像。使用選配的多位點(diǎn)解決方案還可以自動(dòng)采集多點(diǎn)和大視野圖像。

多維成像


多孔板導(dǎo)航器

多孔板導(dǎo)航器解決方案能夠依照不同的孔板樣式 (標(biāo)準(zhǔn)和定制) 自動(dòng)掃描并采集圖像。所有要求的圖像,包括位置和用戶(hù)備注都可以保存到系統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫(kù)里,以便于訪問(wèn)。可以按照行、列或任意方式為培養(yǎng)孔設(shè)置不同的成像條件。 
還允許在單一孔板內(nèi)完成多個(gè)試驗(yàn),設(shè)定更加了靈活性。

孔板導(dǎo)航


全景成像

手動(dòng)多圖像拼接功能可以實(shí)時(shí)創(chuàng)建全景圖像。 采用cellSens Dimension和選配的多位點(diǎn)解決方案也可以自動(dòng)操作電動(dòng)載物臺(tái)進(jìn)行大視野成像。此功能還可以與電動(dòng)z軸對(duì)焦組合使用,圖像采集時(shí),自動(dòng)校正樣本扭曲和傾斜。

全景成像 全景成像


景深擴(kuò)展成像

用戶(hù)通過(guò)樣本緩慢對(duì)焦時(shí)記錄下圖像數(shù)據(jù),EFI功能*能自動(dòng)創(chuàng)建一個(gè)全景對(duì)焦圖像。如果使用了電動(dòng)對(duì)焦顯微鏡,則可以自動(dòng)實(shí)現(xiàn)EFI處理。此類(lèi)EFI功能,作為采集處理的一部分,或通過(guò)組合以前采集的多個(gè)Z-序列圖像來(lái)創(chuàng)建。

* 此功能需要 “Dimension"版本或帶“手動(dòng)處理"解決方案的“standard"軟件包。


復(fù)雜的圖像處理

光譜拆分

cellSens Dimension中使用了線性分離算法,可以隨時(shí)分離重疊在發(fā)射光譜里的熒光物質(zhì)—比如GFP和 YFP — ,以產(chǎn)生無(wú)串色的熒光圖像。這種線性分離工具也可以分離與自發(fā)熒光相關(guān)的背景。

光譜拆分 左:拆分前,右:拆分后


反卷積

cellSens Dimension包括用于實(shí)時(shí)預(yù)覽和采集的實(shí)時(shí)2D去模糊功能,能夠?qū)駱?biāo)本進(jìn)行更好的對(duì)焦。此外,cellSens里具有更*的3D反卷積技術(shù),重 新處理焦外信號(hào)。選配的CI反卷積解決方案使用了新的限制迭代算法,以行業(yè)的技術(shù)改善了分辨率、對(duì)比度和動(dòng)態(tài)范圍。

Kei Ito, Ph. D. 分子和細(xì)胞生物科學(xué)研究所,東京大學(xué)


左:原始圖像, 右:去卷積圖像

細(xì)胞系:人類(lèi)宮頸癌細(xì)胞系HeLa細(xì)胞 
免疫熒光染色:Hec1染色(綠色,Alexa- 488),a-微管蛋白染色(紅色,Alexa- 568),DAPI染色(藍(lán)色) 
來(lái)源于人類(lèi)宮頸癌的有絲分裂HeLa細(xì)胞。有絲分裂紡錘體與著絲粒分別用anti-a-tubulin(紅色)和anti-Hec1(綠色)抗體染色。通過(guò)著絲粒,染色體與微管相互作用構(gòu)成有絲分裂紡錘體,蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)裝配在染色體的著絲粒區(qū)域。 
圖像數(shù)據(jù)由日本東北大學(xué)癌癥發(fā)展研究所,分子腫瘤學(xué)系的Masanori Ikeda和Kozo Tanaka提供。


焦點(diǎn)提取

從圖像中提取焦點(diǎn),包括Z-序列延時(shí)圖像。即使在眾多離焦延時(shí)圖像中,此功能也能以可能的焦平面創(chuàng)建T-系列圖像。

最佳焦點(diǎn)提取


高動(dòng)態(tài)范圍 (HDR) 成像

HDR功能以不同的曝光時(shí)間自動(dòng)采集多個(gè)圖像,通過(guò)這種方法創(chuàng)建具有更高的動(dòng)態(tài)范圍圖像,這種圖像可清晰地顯示低強(qiáng)度信號(hào),又不會(huì)過(guò)度曝光樣本的明亮區(qū)域。


相機(jī)和設(shè)備解決方案

用于cellSens Dimension的相機(jī)解決方案

為滿(mǎn)足高級(jí)研究人員的需求,相機(jī)解決方案允許cellSens Dimension配置一些新的EM-CCD相機(jī)。相機(jī)控制面板增加一些其它的控制,允許在常規(guī)的cellSens界面中輕松地使用相機(jī)。

用于cellSens Dimension的設(shè)備解決方案

設(shè)備解決方案允許cellSens使用一些高級(jí)設(shè)備,比如影像分割器和量壓電動(dòng)Z軸設(shè)備,從而極大地提高采集速度。該解決方案可以控制Yokogawa CSU-X1轉(zhuǎn)盤(pán)共聚焦設(shè)備,允許cellSens用戶(hù)實(shí)時(shí)追蹤活樣本快速動(dòng)態(tài)的活動(dòng),并采用奧林巴斯實(shí)時(shí)控制器獲取可靠的結(jié)果。

圖像分析和工具

多樣的分析方法和宏工具

用于測(cè)量和分類(lèi)的自動(dòng)目標(biāo)識(shí)別

采用計(jì)數(shù)和測(cè)量解決方案可以進(jìn)一步擴(kuò)展多種測(cè)量方式。cellsens軟件中廣泛的手動(dòng)測(cè)量功能可進(jìn)一步擴(kuò)展成計(jì)數(shù)和測(cè)量方案。在交互式界面識(shí)別目標(biāo)的自動(dòng)測(cè)量和分類(lèi)總是與測(cè)量鏈接在一起。結(jié)果可以很方便的導(dǎo)出到Microsoft Excel中做進(jìn)一步分析。

自動(dòng)目標(biāo)測(cè)量和分級(jí) 用于測(cè)量和分類(lèi)的自動(dòng)目標(biāo)識(shí)別


宏管理器

可以使用宏命令來(lái)執(zhí)行典型的工作流程,比如從圖像采集到數(shù)據(jù)分析。 
宏命令可以同時(shí)應(yīng)用到多幅圖像。 
宏管理器可以極大地減少?gòu)?fù)雜成像和分析任務(wù)的工作時(shí)間。

宏管理器


圖像比較 (同步圖像窗口)

采用同步縮放和移動(dòng)并排顯示圖像,進(jìn)行精確比較。

圖像比較 (同步圖像窗口)


手動(dòng)測(cè)量

cellSens提供了各種測(cè)量工具,包括點(diǎn)之間的距離、面積、強(qiáng)度測(cè)量和形態(tài)學(xué)參數(shù)。測(cè)量數(shù)據(jù)作為圖層保存,并可以導(dǎo)出到MS Excel和cellSens工作簿格式。

手動(dòng)測(cè)量


強(qiáng)度分析

通過(guò)FRET或Ca2+成像獲取的多色圖像上簡(jiǎn)單的設(shè)置感興趣區(qū)域(ROI),就可以圖形方式描述強(qiáng)度和通道比率,并且可將數(shù)值導(dǎo)出到Excel或工作薄中。更精細(xì)的細(xì)胞結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)可通過(guò)使用比率顯示獲得清晰的展示,這要?dú)w功于強(qiáng)度調(diào)節(jié)顯示(IMD)功能,它能夠通過(guò)色調(diào)和亮度展示比率和強(qiáng)度。此外,ROI可以隨著細(xì)胞的移動(dòng)而移動(dòng)去捕捉測(cè)量,在線分析功能可作為選配插件。圖像處理功能插件可應(yīng)用于FRAP實(shí)驗(yàn)的圖像分析和曲線擬合。

Ratio圖像的顯示/分析 FRAP分析功能


動(dòng)目標(biāo)計(jì)數(shù)和分類(lèi) – 點(diǎn)擊計(jì)數(shù)

cellSens點(diǎn)擊計(jì)數(shù)功能允許研究人員進(jìn)行便捷的手動(dòng)細(xì)胞計(jì)數(shù)。點(diǎn)擊鼠標(biāo)標(biāo)記細(xì)胞或其它目標(biāo),計(jì)數(shù)并自動(dòng)分配給用戶(hù)定義的目標(biāo)分類(lèi)。為了完成進(jìn)一步的分析或文件記錄,cellSens能夠方便地將數(shù)據(jù)導(dǎo)出到MS excel。

動(dòng)目標(biāo)計(jì)數(shù)和分類(lèi) – 點(diǎn)擊計(jì)數(shù)


創(chuàng)建報(bào)告和數(shù)據(jù)庫(kù)

報(bào)告

只需簡(jiǎn)單的拖拽操作即可使用便捷的報(bào)告工具將圖像與參數(shù)數(shù)據(jù)、測(cè)量數(shù)據(jù)和用戶(hù)定制文檔組合進(jìn)報(bào)告模板里。這些Microsoft Word*報(bào)告能夠?qū)崿F(xiàn)與同事的快速而輕松的合作,以及交流結(jié)果。

* 需要Microsoft Word version 2007或后續(xù)版本

數(shù)據(jù)庫(kù)

數(shù)據(jù)庫(kù)核心解決方案允許創(chuàng)建用戶(hù)定義的數(shù)據(jù)庫(kù),具有的訪問(wèn)控制權(quán)限,可以實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)共享。數(shù)據(jù)庫(kù)不但收集圖像,還包括所有相關(guān)的圖像參數(shù)、用戶(hù)評(píng)論和任何相關(guān)的文件,比如用于其它文件的電子表格。交互式查詢(xún)工具使其可以更容易地找到所需的數(shù)據(jù),自動(dòng)預(yù)覽找到的圖像。使用數(shù)據(jù)庫(kù)客戶(hù)解決方案可以從不同的工作站便捷地查看和修改共享數(shù)據(jù)庫(kù)。

數(shù)據(jù)庫(kù)


可擴(kuò)展性

遠(yuǎn)程實(shí)時(shí)圖像

cellSens NetCam解決方案使用了標(biāo)準(zhǔn)的TCP/IP協(xié)議,能夠方便地用網(wǎng)絡(luò)傳送實(shí)時(shí)圖像和保存的圖像用于教學(xué)、監(jiān)視或監(jiān)督。因此,即使在實(shí)驗(yàn)室以外,同事或監(jiān)督員也可以從網(wǎng)絡(luò)上的任何點(diǎn)進(jìn)行監(jiān)視,從而提高了實(shí)驗(yàn)室的效率。

遠(yuǎn)程實(shí)時(shí)圖像


解決方案

使用選配的“Solutions"可以將每個(gè)cellSens軟件包擴(kuò)展到的應(yīng)用。

功能EntryStandardDimension
CI反卷積--x
多位點(diǎn)--x
多孔板導(dǎo)航器--x
計(jì)數(shù)和測(cè)量--x
比率--x
圖片處理--x
數(shù)據(jù)庫(kù)核心-xx
Net Cam-xx
數(shù)據(jù)庫(kù)客戶(hù)端xxx
多通道采集-x-
手動(dòng)進(jìn)程-x-
相機(jī)--x
設(shè)備--x

*cellSens軟件不能應(yīng)用于全領(lǐng)域


個(gè)性化和用戶(hù)界面

黑色皮膚

黑色皮膚減少了計(jì)算機(jī)顯示器產(chǎn)成的環(huán)境光,使cellSens用戶(hù)可以適應(yīng)變暗的環(huán)境;圖標(biāo)保持高反差,以便于識(shí)別和快速選擇。

黑色皮膚


可定制的窗口布局

可以安排工具和窗口,以適合正在進(jìn)行的工作,優(yōu)化布局的功能。

可定制的窗口布局


工作流定向布局標(biāo)簽

所有常見(jiàn)的功能都集成在標(biāo)簽里,組合了所有相關(guān)的選項(xiàng)和設(shè)置。這些布局標(biāo)簽允許用戶(hù)根據(jù)特定的工作流程輕松地選擇想要功能。例如,在采集標(biāo)簽下顯示相機(jī)控制性能。切換到下一個(gè)進(jìn)程標(biāo)簽時(shí),則從視圖去掉了這些顯示。

我的功能 -

cellSens使用戶(hù)可以為常用的功能創(chuàng)建并保存定制的工具欄,然后保存到我的功能窗口。

我的功能

關(guān)鍵詞:顯微鏡 顯示器
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