【基本原理】 
普遍采用的堿變性法具有操作簡(jiǎn)便、快速、得率高的優(yōu)點(diǎn)。其主要原理是，利用染色體DNA與質(zhì)粒dna的變性與復(fù)性的差異而達(dá)到分離目的。在堿變性條件下（pH 12.6），染色體DNA的氫鍵斷裂，雙螺旋結(jié)構(gòu)解開(kāi)而變性，質(zhì)粒DNA氫鍵也大部分?jǐn)嗔?，雙螺旋也有部分解開(kāi)，但共價(jià)閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的兩條互補(bǔ)鏈不會(huì)*分離，當(dāng)以pH 4.8的乙酸鈉將其pH調(diào)到中性時(shí)，變性的質(zhì)粒DNA又恢復(fù)到原來(lái)的構(gòu)型，而染色體DNA不能復(fù)性，形成纏繞的致密網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，離心后，由于浮力密度不同，染色體DNA與大分子RNA、蛋白質(zhì)SDS復(fù)合物等一起沉淀下來(lái)而被除去。分離質(zhì)粒DNA的方法一般包括3個(gè)基本步驟：培養(yǎng)細(xì)菌使質(zhì)粒擴(kuò)增；收集和裂解細(xì)菌；分離和純化質(zhì)粒DNA。 
【器材】 
1．1.5ml eppendorf 管 
2．微量加樣器 
3．培養(yǎng)皿 
4．臺(tái)式高速離心機(jī) 
5．高壓滅菌鍋 
【試劑】 
所有的試劑均需高壓滅菌（有機(jī)溶劑除外）

1．溶液I

50mmol /L 葡萄糖

25mmol/L Tris -Cl（pH8.0）

10mmol/L EDTA（pH8.0）

2．溶液II

0.2mol/L NaOH

1%SDS

臨用前配制

3．溶液III

5mol/L 乙酸鉀 60ml

3mol/L 冰乙酸 11.5ml

ddH2O 28.5ml

pH 5.2

4．RNase A：

10mg/ml

5．TE緩沖液：

1mmol/L EDTA in 10mmol/L Tris-Cl（pH8.0）

6．Tris-Cl（pH8.0）飽和

7．氯仿/異戊醇（v/v）：

24/1

8．70%：乙醇

9．LB/Amp：

LB/氨芐（50μg/ml）

【操作步驟】
1．從選擇性培養(yǎng)平板上取出一個(gè)菌落，移至含有2ml LB/Amp培養(yǎng)基的試管中。在37℃條件下振蕩培養(yǎng)12-16h。
2．將1.5ml培養(yǎng)物移至1.5 ml Eppendorf管中，4000 rpm離心8min。
3．棄上清，將細(xì)菌沉淀懸浮在100μl預(yù)冷的溶液I中，并加入2.5μl RNase A（10mg/ml）。
4．加200μl新配制的溶液II, 蓋緊管口?？焖兕嵉闺x心管5次使內(nèi)容物混合、放置冰上5min。
5．加150μl預(yù)冷的溶液III，蓋緊管口。將管顛倒5-8次，冰上放置20min。
6．離心（1000rpm，4℃，5min），將上清轉(zhuǎn)移到另一離心管中。
7．加等體積苯/氯仿/異戊醇，振蕩混勻，離心同上。
8．將水相移至另一離心管中，加入2.5倍體積的無(wú)水乙醇混勻后置冰上20min。
9．10 000rpm 4℃離心10min。
10．棄上清，加入0.5ml 70%乙醇洗滌DNA沉淀，離心棄上清，在空氣中使質(zhì)粒DNA干燥10min。
11．將質(zhì)粒DNA溶于20μl，ddH2O中，4℃保存。