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實(shí)驗(yàn)高手談siRNA引物設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)

時間:2016/9/7閱讀:1942
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sirna的設(shè)計(jì)是決定RNA干擾實(shí)驗(yàn)成功與否的關(guān)鍵步驟,然而并非每個siRNA都能有效引發(fā)基因沉默,因而siRNA的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)尤為重要,siRNA的設(shè)計(jì)工具也應(yīng)運(yùn)而生。因此,生物幫小編總結(jié)了部分幫友的成功經(jīng)驗(yàn)供大家參考。

經(jīng)驗(yàn)1:如果是自行設(shè)計(jì)siRNA的話,一個目標(biāo)基因至少設(shè)計(jì)3-5個以上的siRNAs,平行實(shí)驗(yàn)以期提高成功率。據(jù)評估,隨機(jī)設(shè)計(jì)的siRNA有25%的機(jī)會有效沉默基因表達(dá)(減少75%-95%以上的mRNA),一半以上的幾率能達(dá)到50%的沉默效果。

經(jīng)驗(yàn)2:siRNA的反義鏈3'端以UU結(jié)尾,這被*是zui有效的的siRNA結(jié)構(gòu)。現(xiàn)在以其他堿基結(jié)尾的siRNA也有報(bào)道能成功引發(fā)RNAi,你可以嘗試。不過如果是體外轉(zhuǎn)錄合成siRNA,要避免以G結(jié)尾,因?yàn)楹罄^處理時RNAse會切除末端的G。

經(jīng)驗(yàn)3:多個siRNAs位點(diǎn)分散分布在mRNA全長上。沒有數(shù)據(jù)表明siRNA在mRNA上的前后位置和RNAi效果有什么特別的關(guān)系。如果siRNA位點(diǎn)因?yàn)閙RNA二級結(jié)構(gòu)或者蛋白結(jié)合的屏蔽而影響siRNA效果,分散分布可以減少風(fēng)險。不過,也有報(bào)道說,如果可能,能避開起始的50-200個堿基,以避開潛在的調(diào)控蛋白結(jié)合位點(diǎn)。

經(jīng)驗(yàn)4:避開和其他基因同源序列,以免“誤傷群眾”。潛在的目標(biāo)序列都到這里BLAST一下,www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST ,和其他基因有16個以上堿基同源的序列一定槍斃掉。

經(jīng)驗(yàn)5:GC比例30%-50%比高GC含量的siRNA的成功率要高些。有較多選擇時留意。不要有連續(xù)9個以上的GC。也盡量避免出現(xiàn)連串的某個堿基。根據(jù)Schwards的文章,由于siRNA雙鏈上只有一條鏈會結(jié)合RISE上,究竟哪條鏈取決于RNA解旋酶,而正義鏈5' 端以GC開頭,且5'端1-4個堿基GC含量高,且16-19位堿基GC含量低的序列得到的siRNA反義鏈5'端GC含量低3'GC含量高(也有研究表明反義鏈5'端前7個堿基至少有5個AU),使得反義鏈比較容易正確結(jié)合RISE,因而基因沉默效果比較好。

經(jīng)驗(yàn)6:如果是shrna表達(dá)載體,用的是RNA聚合酶III類的啟動子如U6,的結(jié)構(gòu)是5’GN(19),后面連續(xù)4個U結(jié)尾即可令轉(zhuǎn)錄終止,要避免序列中j減出現(xiàn)連續(xù)的U/A。

經(jīng)驗(yàn)7:芝加哥大學(xué)的Anne Cahill這樣說:“我比較喜歡采用siSearch 來設(shè)計(jì)shRNA.。我喜歡是因?yàn)樗梢愿鶕?jù)一些列公開的設(shè)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)返回一個評分。我并不相信某一個或者某一類設(shè)計(jì)法則是的,我曾經(jīng)試過8個:siRNA設(shè)計(jì),輸入同一個序列,希望找到一致的目標(biāo)位點(diǎn),不過結(jié)果令人絕望。所以我不會僅僅盲目的選擇siSearch評分zui高的的序列,我會嘗試其他標(biāo)準(zhǔn)比如預(yù)測反義鏈二級結(jié)構(gòu)和和目標(biāo)mRNA上的定位,同時再看看RNAi Consortium或者RNAi Codex有沒有我的目標(biāo)序列。”

準(zhǔn)備在體外轉(zhuǎn)錄的RNA干擾,siRNA表達(dá)載體,或PCR生成的siRNA表達(dá)盒,必須準(zhǔn)備適當(dāng)?shù)哪0?。這些模板設(shè)計(jì)基于Web的工具可用于以下Ambion公司包/產(chǎn)品:siRNA沉默構(gòu)建試劑盒、pSilencer siRNA表達(dá)載體、快速的沉默siRNA表達(dá)盒試劑盒、siRNA沉默的雞尾酒套件(核糖核酸酶)。

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