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上海中科院新發(fā)現(xiàn):RNA A-to-I 編輯位點新分析辦法

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  上海中科院發(fā)展了一項新的計算分析流程,并應用于RNA A-to-I 編輯位點,該技術無需測定基因組DNA序列,只需多個樣本的RNA轉(zhuǎn)錄組信息進行比較,即可獲得高準確度的A-to-I RNA編輯預測。

中科院上海生命科學研究院計算生物學所楊力研究組和生化與細胞所陳玲玲研究組的合作研究發(fā)表了一篇論文,Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human transcriptomes in the absence of genomic sequences。該項研究發(fā)展了一新的計算分析流程。并應用于RNA編輯位點的預測,在人體組織中發(fā)現(xiàn)了600多個成簇(clustered) A-to-I RNA編輯的新位點及其在人組織間的差異調(diào)控;重要的是,該研究還發(fā)現(xiàn)了在非重復序列中存在的成簇RNA編輯位點及其序列結(jié)構(gòu)特征。該計算流程及其所帶來的新發(fā)現(xiàn),進一步豐富了人們對RNA編輯的認識,也開拓了對RNA編輯功能研究的思路。與以往RNA編輯檢測方法不同,這一計算流程不需要測定同一樣本的基因組DNA序列來排除背景干擾,而只需要多個樣本的RNA轉(zhuǎn)錄組信息進行比較,獲得高準確度的A-to-I RNA編輯預測。值得一提的是,在此項研究工作審稿過程中,一篇Nat Methods (Ramaswami, et al, Nat Methods, 2013, 10: 128-132)文章報道了另一種只利用轉(zhuǎn)錄組RNA信息來預測A-to-I RNA編輯的方法,這提示在今后的研究中可以利用類似的方法對更多轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行分析,來進一步研究RNA編輯在基因表達調(diào)控上的功能作用。

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