黃化小麥苗中提取總RNA,可以為cdna文庫的構(gòu)建做好準備。我們重點是要保證RNA的完整性、產(chǎn)率、防止修飾和純度,尤其是完整性、防止修飾和純度。RNA是單鏈,2’OH是它的化學(xué)性質(zhì)遠比DNA活潑。所以,提取RNA頗為不易。加之RNA得不均一性,要將所有的RNA(rRNA、tRNA、mRNA)*提出,更加有挑戰(zhàn)性。而Rnase是無處不在的(這種酶遇高溫后也不會喪失活性,復(fù)性容易,在胞內(nèi)外都有分布,不需激活,不需要二價金屬離子的配合); RNA還zui怕DNA污染,因為若做RT-PCR,DNA的存在會降低產(chǎn)物的純度和效率所有以上的因素都構(gòu)成了我們成功提取RNA的障礙。但是我們可以不用考慮RNA的機械剪切,因為RNA通常較小,一般不會受到機械剪切的影響。
實驗原理及過程
實驗步驟
實驗原理
1所有容器高溫滅菌兩次,DEPC高溫滅菌,所有的試劑用DEPC配制,高溫滅菌。 去除RNA酶(外源)的影響。 高溫滅菌兩次可以破壞RNA酶的復(fù)性過程.雖然RNA酶極易復(fù)性,但兩次連續(xù)的高溫會打亂它的復(fù)性歷程,從而使RNA酶失活。 DEPC是RNA酶的非競爭性抑制劑。DEPC可以與RNA酶的活性中心的咪脞環(huán)上的N結(jié)合,從而使RNA酶失活。 因為DEPC能與RNA的N結(jié)合,從而修飾RNA,所以,必須將DEPCzui終除去。在高溫滅菌時,DEPC因高溫分解而揮發(fā)。(UV也能修飾RNA,實驗時應(yīng)避免。) DEPC滅菌后稱為DEPC水,它是不含DEPC的。 實驗過程中要勤換手套,必要時要在超凈工作臺中進行。 2在一滅菌2mL管中加入: 5mol/L異硫氰酸胍 0.7mL 0.4mL 2mol/L NaAc(pH4.0) 0.1mL 必須提前準備好變性劑。 異硫氰酸胍可以變性RNA酶,也可以破細胞。本試驗不可以用酶法破細胞。因為蛋白酶k的適合的條件也可以是RNA酶有活性。 NaAc酸性可以使DNA在有機相(酚相)中,而在堿性條件下,DNA和RNA都在水相中,無法分離,所以,Ph在本是嚴重很關(guān)鍵。 用于抽提DNA和蛋白質(zhì)。 3稱取0.2g小麥黃化苗的葉片,迅速在液氮中研磨成粉末,轉(zhuǎn)入已準備好的離心管中。 劇烈震蕩。 低溫防止內(nèi)源性RNA酶降解RNA。 劇烈震蕩是使所有的細胞散開,浸在變性劑中。低溫的細胞在相對來說高溫的液體中是會形成一團,這樣就會使內(nèi)部的RNA沒有水解RNA的機會。 小麥的黃化苗因為沒有光合作用,所以含糖少,易于抽提。 4混勻,冰浴30min。
54℃,12000rpm,10min。 6上清至另一離心管中 加0.4Ml氯仿,劇烈震蕩。冰浴放置5min。 去脂類。 740C,12000rpm,10min。 8棄有機相(下層) 加入0.4Ml氯仿和0.4Ml酚。室溫放置5min。 去脂類和蛋白質(zhì)。 940C,12000rpm,10min 棄有機相,加入等體積異丙醇。-200C放置1h。 去糖,脫水。因為體系高鹽(2mol/L NaAc),所以可以使RNA沉淀。 1040C,12000rpm,10min 沉淀用70%乙醇洗兩次。 因為提出的量很少,可能不可見,所以離心是要有方向標記。 11室溫稍干燥。 RNA是非常不好溶解的,所以只能稍干燥。若不溶解是因為有太多的糖的殘余。 12沉淀加20uLDEPC水溶解(-200C保存) DEPC水中不含RNA酶。 13RNA電泳: 1%瓊脂糖膠20 mL 8μL樣品 +1μL樣品緩沖液+1μLSYBR 100V恒壓電泳 測OD260和OD260/OD280