Q1．無CT值（信號）出現(xiàn)
A1．1.反應(yīng)循環(huán)數(shù)不夠。一般都要在35個循環(huán)以上，可根據(jù)實(shí)驗(yàn)情況增加循環(huán)（如至45cycles），但高于45個循環(huán)會增加過多的背景信號。
2.檢測熒光信號的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時采集，taqman法則一般在退火結(jié)束時或延伸結(jié)束采集信號。
3.引物或探針降解?？赏ㄟ^PAGE電泳檢測其完整性。
4.引物或探針的設(shè)計(jì)，如探針高于引物的溫度不夠，造成探針未雜交上而產(chǎn)物已延伸的情況。
5.模板量不足。對未知濃度的樣品應(yīng)從系列稀釋樣本的zui高濃度做起。
6.模板降解。避免樣品制備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況。
Q2．CT值出現(xiàn)過晚
A2.1.擴(kuò)增效率低，反應(yīng)條件不夠優(yōu)化。設(shè)計(jì)更好的引物或探針；改用三步法進(jìn)行反應(yīng)；適當(dāng)降低退火溫度；增加鎂離子濃度等。
2.PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足。
3.PCR產(chǎn)物太長。一般采用80-150bp的產(chǎn)物長度。
Q3．標(biāo)準(zhǔn)曲線的線性關(guān)系不佳
A3.1.加樣存在誤差，使得標(biāo)準(zhǔn)品不呈梯度。
2.標(biāo)準(zhǔn)品出現(xiàn)降解。應(yīng)避免標(biāo)準(zhǔn)品反復(fù)凍融，或重新制備并稀釋標(biāo)準(zhǔn)品。
3.引物或探針不佳。重新設(shè)計(jì)更好的引物和探針
4．模板中存在抑制物，或模板濃度過高
Q4．陰性對照也出現(xiàn)明顯的起飛
A4．1.應(yīng)mix或水被污染。
2.引物二聚體的出現(xiàn)。用SG法在35cycles以后陰性出現(xiàn)起飛屬正常情況，可配合熔解曲線進(jìn)行分析。
3.反應(yīng)過程中探針的降解。用PAGE電泳對探針進(jìn)行檢測。
4.如果使用了ROX校正，則可能是ROX的降解所造成。
Q5．在溶解曲線前是否插入一個同溶解程序初始溫度相同的一個保溫過程
A5．如果在熔解曲線前沒有一個保溫過程，則曲線會在前幾個循環(huán)非常陡峭，使真正的熔解峰型幾乎看不到。
Q6．熔解曲線不止一個主峰
A6．1．引物設(shè)計(jì)不夠優(yōu)化。應(yīng)避免引物二聚體和發(fā)夾結(jié)構(gòu)的出現(xiàn)。
2.引物濃度不佳。適當(dāng)降低引物的濃度，并注意上下游引物的濃度配比。
3.鎂離子濃度過高。適當(dāng)降低鎂離子濃度，或選擇更合適的mix試劑盒。
4.模板有基因組的污染。RNA提取過程中避免基因組DNA的引入，或通過引物設(shè)計(jì)避免非特異擴(kuò)增。
Q7．?dāng)U增效率低
A7．1.反應(yīng)試劑中部分成分特別是熒光染料降解。
2.反應(yīng)條件不夠優(yōu)化，可適當(dāng)降低退火溫度或改為三步擴(kuò)增法。
3.反應(yīng)體系中有PCR反應(yīng)抑制物。一般是加入模板時所引入，應(yīng)先把模板適度稀釋，再加入反應(yīng)體系中，減少抑制物的影響。
Q8．實(shí)驗(yàn)重復(fù)性不好
A8．1.加樣不準(zhǔn)確。
2.儀器在樣品上溫度條件有差異，即溫度均一性不好。
3.模板濃度低。樣品初始濃度越低，重復(fù)性越差，應(yīng)減少樣品的稀釋倍數(shù)。
Q9．變性溫度是否合適
A9．大部分的雙鏈DNA在95°C就開始解鏈了，在有些情況下在90至94°C都不能很好地變性DNA。由于部分變性，參加反應(yīng)的探針和引物相應(yīng)的減少了，因此反應(yīng)效率會下降。
Q10．變性時間是否合適
A10．15到20秒對于變性擴(kuò)增子是足夠了，然而，長一點(diǎn)的產(chǎn)物，可能會需要30秒，60秒的變性時間通常是不需要的。
Q11．退火溫度和時間是否合適
A11．檢查引物和探針的Tm值，SYBRGreenI的退火時間大約20到35秒，雙標(biāo)記探針通常是兩步法，退火和延伸合并為一步，時間大約是45到60秒，溫度通常在60°C，對于FRET探針退火步驟大約20到30秒。
Q12．在哪一步驟采集信號
A12．SYBRGreenI應(yīng)當(dāng)在72°C，此時絕大部分的DNA是雙鏈狀態(tài)，如上所述，雙標(biāo)記探針通常是兩步檢測，因此信號采集應(yīng)該在退火延伸的整合步驟。對于FRET檢測，數(shù)據(jù)應(yīng)該在退火步驟檢測。如果對于信號采集點(diǎn)不確定，可以多點(diǎn)采集作對比。如果監(jiān)控屏幕檢測不到信號，檢查程序設(shè)定是否存在至少一個的信號采集點(diǎn)。
Q13．是否選定了合適的增益值
A13．一些情況下會看到曲線超過了窗口范圍，在熒光強(qiáng)度100的地方成一直線。盡管大部分的數(shù)據(jù)可以用，但是減少增益，一些原始數(shù)據(jù)就不會超出范圍。有時，在*個循環(huán)信號就跳出了窗口范圍，這是由于增益選得太高，看起來像沒有檢測到數(shù)據(jù)。如果熔解曲線分析時，開始熒光就達(dá)到了100，則應(yīng)當(dāng)用低的增益重新運(yùn)行，而不需要重新運(yùn)行擴(kuò)增反應(yīng)，SYBRGreenI和FRET的樣品可以在一定程度上反復(fù)使用
