內(nèi)參即是內(nèi)部參照，它們在各組織和細胞中的表達相對恒定，在檢測基因的表達水平變化時常用它來做參照物。其作用是校正上樣量、上樣過程中存在的實驗誤差，保證實驗結(jié)果的準確性。借助檢測每個樣品內(nèi)參的量就可以用于校正上樣誤差，這樣半定量的結(jié)果才更為可信。一般要選擇一個在處理因素作用的條件下不會發(fā)生表達改變的基因作內(nèi)參。

在進行基因研究的過程中,實時反轉(zhuǎn)錄 PCR也和傳統(tǒng)的mRNA定量方法如 Northern b lot技術(shù)等一樣, 要求使用參照基因以校正轉(zhuǎn)錄效率和 cDNA用量, 彌補制備過程中樣本純度和濃度的差別, 使不同樣本之間目的基因的比較成為可能,以期獲得真實可靠的結(jié)果。大多數(shù)分析方法中這些差別可通過與內(nèi)參照比較處理消除。zui普通的內(nèi)參照是內(nèi)源性參照基因,也叫管家基因。

管家基因：又稱持家基因(house-keeping genes)生物體各類細胞中都表達，其產(chǎn)物是對維持細胞基本生命活動所必需的蛋白質(zhì)編碼的基因。如微管蛋白基因、糖酵解酶系基因與核糖體蛋白基因等。是 為維持細胞基本生命活動所需而時刻都在表達的基因。

管家基因表達水平受環(huán)境因素影響較小，而是在個體各個生長階段的大多數(shù)、或幾乎全部組織中持續(xù)表達，或變化很小。它的表達只受啟動序列或啟動子與RNA聚合酶相互作用的影響，而不受其他機制調(diào)節(jié)。 管家基因高度保守并且在大多數(shù)情況下持續(xù)表達，因此管家基因常被用于分子技術(shù)--多位點基因分析。

內(nèi)參基因通常是各種看家基因，在細胞內(nèi)組成穩(wěn)定性表達，有助于保持細胞的功能。理想的內(nèi)參基因應(yīng)該滿足以下條件：1, 不存在假基因(Pseudogene)，以避免基因 DNA的擴增; 2,高度或中度表達，排除低表達; 3,穩(wěn)定表達于不同類型的細胞和組織(如正常細胞和癌細胞)，而且其表達量是近似的，無顯著性差別; 4,表達水平與細胞周期以及細胞是否活化無關(guān);5, 其穩(wěn)定的表達水平與目標(biāo)基因相似;6, 不受任何內(nèi)源性或外源性因素的影響，如不受任何實驗處理措施的影響.

近年來的研究發(fā)現(xiàn)：這些常用內(nèi)參基因均存在缺陷，在不同類型的細胞和組織 細胞增殖和器官發(fā)育的不同階段 體外培養(yǎng) 各種實驗條件等情況下它們的表達量通常變異較大。正確的選擇內(nèi)參基因, 很大程度上依賴所研究的細胞或組織, 不同的試驗需要尋找適合各自試驗體系的特異性穩(wěn)定表達的內(nèi)參基因。然而,合適內(nèi)參基因的選擇,需要在各種類型的細胞或組織和各種試驗條件下進行比較選擇。理想的內(nèi)參基因應(yīng)在各種試驗條件下,各種類型的組織和細胞中均恒定表達,而且其表達量是近似的,無顯著性差別。另外要求不存在假基因以避免基因組的擴增。