簡單序列長度多態(tài)性（simple sequence length polymorphism，SSLP）是據(jù)串聯(lián)重復(fù)排列微衛(wèi)星基序兩側(cè)的單一序列設(shè)計引物，對微衛(wèi)星序列（microsalite DNA或simple sequence repeats，SSR）進(jìn)行擴增，由微衛(wèi)星基序重復(fù)數(shù)目的變異而產(chǎn)生多態(tài)性。由于基因組中某一特定的微衛(wèi)星的側(cè)翼序列通常都是保守性較強的單一序列，因而可以將微衛(wèi)星側(cè)翼的dna片段克隆、測序，然后根據(jù)微衛(wèi)星的側(cè)翼序列就可以人工合成引物進(jìn)行pcr擴增，從而將單個微衛(wèi)星位點擴增出來。

由于單個微衛(wèi)星位點重復(fù)單元在數(shù)量上的變異，個體的擴增產(chǎn)物在長度上的變化就產(chǎn)生長度的多態(tài)性，這一多態(tài)性稱為SSLP，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。SSLP是一些長度不等的重復(fù)序列、有多個等位基因位點，它們多為2-4個核苷酸序列重復(fù)（也叫微衛(wèi)星標(biāo)記），在不同動植物品系中其重復(fù)次數(shù)不同，故可用PCR法來檢測各該多態(tài)性序列的長度，從而快速測定出多種回交后代中標(biāo)記物的分離方式。

由于微衛(wèi)星標(biāo)記在基因組中廣泛分布，等位性變異豐富，檢測手段簡便，穩(wěn)定可靠而受重視，但是微衛(wèi)星標(biāo)記要求已知微衛(wèi)星兩側(cè)單一序列信息而使其發(fā)展受到限制，同時微衛(wèi)星標(biāo)記具有嚴(yán)格的種屬特異性也使其應(yīng)用上受到限制。

間簡單序列重復(fù)（inter-simple sequence repeats，ISSR）是近年發(fā)展起來的一類新型分子標(biāo)記技術(shù)，它是根據(jù)基因組內(nèi)廣泛存在的微衛(wèi)星基序設(shè)計單一引物，對基因組DNA進(jìn)行擴增，擴增的指紋圖可以同時提供基因組內(nèi)多個位點的序列信息。ISSR標(biāo)記是根據(jù)微衛(wèi)星基序設(shè)計單一通用引物對基因組DNA進(jìn)行擴增而獲得擴增指紋圖，它在保留了SSLP標(biāo)記的優(yōu)點的同時，有效地克服了SSLP標(biāo)記中的設(shè)計困難的缺點，可望更好地用于作物分類進(jìn)化，基因定位和基因的分子標(biāo)記輔助選擇研究。

Akagi等用UBC-835對水稻包臺型細(xì)胞質(zhì)雄性不育系MTC-10A和其近等基因系MTC-10R進(jìn)行擴增時發(fā)現(xiàn)指紋圖具多態(tài)性，連鎖分析表明多態(tài)性片段與包臺型細(xì)胞質(zhì)雄性不育恢復(fù)基因Rf-1的遺傳距離為3.7±1.1 cM，且定位于第10號染色體的長臂上。本研究指在用UBC-835對野敗型細(xì)胞質(zhì)雄性不育系珍汕97A和其強恢復(fù)系IR24進(jìn)行擴增，并進(jìn)行SSLP和ISSP的標(biāo)記分析。

ISSR標(biāo)記是據(jù)基因組中廣泛存在的微衛(wèi)星序列設(shè)計通用引物對基因組DNA進(jìn)行PCR擴增，引物可以是微衛(wèi)星基序本身或微衛(wèi)星基序重復(fù)引物3′或5′加上2-4個錨定堿基。ISSR標(biāo)記和SSLP標(biāo)記都是檢測基因組中微衛(wèi)星序列變異，由于微衛(wèi)星序列不具有結(jié)構(gòu)基因的功能，而且重復(fù)單元的重復(fù)次數(shù)的改變對整個生物體而言是微小的變異，所以在生物進(jìn)化過程中積累了豐富的微衛(wèi)星變異，這就決定ISSR標(biāo)記和SSLP標(biāo)記的較高多態(tài)性水平。ISSR標(biāo)記在具備較高多態(tài)性水平的情況下克服了SSLP標(biāo)記設(shè)計較困難的缺點，可望更好地用于基因定位研究。ISSR比AFLP具有更高的多態(tài)性比率。SSLP標(biāo)記比RAPD標(biāo)記更能提示遺傳材料間多樣性。